circulation et diversité génétique des coronavirus au sein de populations de chauves-souris du sud-est de la france.

circulation and genetic diversity of coronavirus in bat populations in southeastern france.

• Auteur / Autrice : Océane Rieu
• Direction : Eric Leroy, Frédéric Thomas
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie Santé
• Date : Inscription en doctorat le ; Soutenance le 02/12/2025
• Etablissement(s) : Université de Montpellier (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : MIVEGEC - Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Processus Ecologiques et Evolutifs au sein des Communautés (PEEC)
• Jury : Président / Présidente : Nathalie Chazal
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Nathalie Charbonnel, Noël Tordo, Michel Gauthier-clerc, Audrey Arnal, Bernard Davoust
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Noël Tordo, Michel Gauthier-clerc

Mots clés

Mots clés libres

Virus

Ecologie de la santé

Mammifères

Virus

Health ecology

Mammals

Résumé

Les zoonoses virales émergentes concernent aussi les milieux tempérés, où se mélangent faune sauvage, élevage et activité humaine. Cette thèse, menée dans le Sud-Est de la France, décrit la diversité et la circulation des coronavirus chez les chauves-souris, met en évidence la présence d'un virus nécessitant un suivi ciblé, et propose des pistes concrètes de prévention dans une approche One Health. L’étude s’appuie sur 785 échantillons de guano collectés entre 2022 et 2023 à l'aide de méthodes non invasives, principalement dans des colonies installées à proximité des habitations. Le dépistage par PCR semi-nichée (gène RdRp) met en évidence 19,6 % d’échantillons positifs (154/785), avec une forte variation selon les sites et les genres taxonomiques. Les analyses phylogénétiques montrent plusieurs sous-genres d’Alphacoronavirus, notamment chez les chauves-souris des genres Pipistrellus et Myotis, sans toutefois détecter la présence de séquences proches de virus humains connus. Ces résultats indiquent une diversité locale élevée et des prévalences parmi les plus fortes connues en Europe. Un suivi d'un an et demi en Camargue a permis d’identifier un virus du sous-genre Merbecovirus (contenant le virus très pathogène MERS-CoV) du genre Betacoronavirus, chez l’espèce Pipistrellus pipistrellus, pour lequel nous avons obtenu la séquence complète du génome. Les analyses phylogénétiques placent cette séquence proche des Merbecovirus européens déjà décrits chez d'autres espèces de pipistrelles, utilisant de surcroît le récepteur ACE2. Ce résultat n’est pas une preuve d’infectiosité humaine, mais il justifie des essais fonctionnels, comme des tests de fusion, et un renforcement de la surveillance avec le développement d’une qPCR spécifique et la mise en place de collecte de nouveaux échantillons deux fois par an. À notre connaissance, il s’agit de la première détection en France d’un Merbecovirus. Nous avons mené une consultation d'experts de différents domaines qui mettent en avant des besoins clairs pour prévenir et anticiper les prochaines épidémies. Parmi ces propositions figurent la nécessité de : mettre en place une surveillance intégrée (à plusieurs espèces et plusieurs échelles) appuyée sur des protocoles communs ; encourager le partage des données ; assurer des financements durables pour l’échantillonnage, l’analyse et la formation ; définir les responsabilités entre environnement, agriculture, santé et collectivités pour éviter les zones grises réglementaires. Ces points sont en phase avec les réalités de terrain observées en Camargue. La Camargue constitue un terrain pertinent pour documenter les risques zoonotiques liés aux coronavirus de chauves-souris dans un contexte tempéré, grâce à la richesse des données accumulées suite aux programmes de suivi écologiques de longue durée et à la diversité de ses interfaces entre faune sauvage, activités agricoles et zones habitées. Cette thèse décrit donc une diversité importante d’Alphacoronavirus chez les chauves-souris en Camargue et en Provence, rapporte la présence d'un Merbecovirus chez Pipistrellus proche de virus utilisant le récepteur ACE2, et propose une feuille de route pour consolider la surveillance One Health.

Emerging viral zoonoses also concern temperate regions, where wildlife, livestock, and human activities overlap. This thesis, conducted in southeastern France, documents the diversity and circulation of coronaviruses in bats, highlights the detection of a virus requiring targeted monitoring, and proposes concrete prevention strategies within a One Health framework. The study is based on 785 guano samples collected between 2022 and 2023 using non-invasive methods, mostly from colonies roosting in close proximity to human dwellings. Semi-nested PCR screening targeting the RdRp gene revealed 19.6% positive samples (154/785), with strong variation across sites and taxonomic groups. Phylogenetic analyses identified several subgenera of Alphacoronaviruses, particularly in bats of the genera Pipistrellus and Myotis, but did not detect sequences closely related to known human coronaviruses. These findings indicate high local viral diversity and prevalence levels among the highest reported in Europe. A one-and-a-half-year longitudinal survey in Camargue enabled the detection of a virus from the Merbecovirus subgenus (which includes the highly pathogenic MERS-CoV) within the Betacoronavirus genus, in Pipistrellus pipistrellus. We obtained the complete genome sequence of this virus. Phylogenetic analyses placed this sequence close to other European Merbecoviruses previously reported in pipistrelle bats, which moreover are known to use the ACE2 receptor. Although this result does not demonstrate human infectivity, it warrants functional assays, such as fusion tests, and reinforces the need for surveillance through the development of a specific qPCR assay and the implementation of twice-yearly sampling campaigns. To our knowledge, this is the first detection of a Merbecovirus in France. We also conducted an expert consultation across multiple disciplines, which highlighted clear priorities for preventing and anticipating future epidemics. These included the need to establish integrated surveillance across species and scales based on harmonized protocols; to encourage data sharing; to secure sustainable funding for sampling, analysis, and training; and to clarify responsibilities across environment, agriculture, health, and local authorities to avoid regulatory grey areas. These recommendations are consistent with the realities observed in the Camargue. The Camargue thus emerges as a highly relevant site for documenting zoonotic risks associated with bat coronaviruses in a temperate context, owing to the wealth of data accumulated through long-term ecological monitoring programs and the diversity of interfaces between wildlife, agricultural activities, and human settlements. This thesis therefore describes a substantial diversity of Alphacoronaviruses in bats from Camargue and Provence, reports the presence of a Merbecovirus in Pipistrellus closely related to viruses using the ACE2 receptor, and outlines a roadmap to strengthen One Health-based surveillance.