Interactions entre le génome humain et du virus de la dengue

Interactions between the human genome and the dengue virus

• Auteur / Autrice : Amélie Ngo
• Direction : Vincent Pedergnana
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie Santé
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2022
• Etablissement(s) : Université de Montpellier (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé (Montpellier ; Ecole Doctorale ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : MIVEGEC - Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle

Mots clés

Mots clés libres

Génétique

Statistique

Programmation

Virologie

Phylogénétique

Genetic

Statistic

Programming

Virology

Phylogenetic

Résumé

L'objectif de cette thèse porte sur l'étude des interactions entre le génome humain et le virus de la dengue, en combinant plusieurs approches. Une partie majeure de notre travail se concentre sur le développement d'une méthode statistique qui intègre la phylogénie du virus afin d'identifier les lignées virales spécifiques pouvant être liées à la sévérité des symptômes chez l'humain. Cette approche permet de détecter les endroits précis où des mutations virales se produisent et qui sont potentiellement impliquées dans la sévérité des phénotypes, tout en tenant compte des relations évolutives entre les souches virales. En modélisant l'influence de ces mutations dans un contexte phylogénétique, nous espérons mieux comprendre comment certaines lignées virales contribuent à la gravité de la maladie. En complément de cette approche, nous réaliserons également des études d'association pangénomique (GWAS) pour explorer les variations génétiques humaines qui pourraient influencer la réponse à l'infection par la dengue et les comparer à la littérature. Cette analyse apporte une perspective supplémentaire sur les déterminants génétiques de la sévérité de la maladie. Enfin, nous explorons l'importance des variations génétiques dans le système du complément en comparant leur impact entre la dengue et d'autres virus à ARN. Ce travail vise à souligner les rôles spécifiques des variations génétiques dans les réponses immunitaires et à identifier les similitudes et différences dans la façon dont ces virus influencent le système immunitaire de l'hôte.

This thesis aims to study the interactions between the human genome and the dengue virus using several complementary approaches. A large part of our work is dedicated to developing a statistical method that incorporates the phylogeny of the virus to identify viral lineages that may be associated with the severity of symptoms in humans. This method allows for the precise identification of viral mutations that could play a role in the severity of phenotypes, while taking into account the evolutionary relationships between different strains. By modeling the effect of these mutations within a phylogenetic framework, we hope to better understand the impact of viral lineages on the severity of the disease. In parallel, we are conducting genome-wide association studies (GWAS) to explore human genetic variations that may influence the response to dengue infection, while comparing them to the results available in the literature. This approach aims to enhance our understanding of the genetic factors involved in the severity of the disease. Finally, we are interested in genetic variations in the complement system, comparing their impact in the case of dengue to that of other RNA viruses. This work aims to highlight the specific roles of these variations in the immune response and to identify the similarities and differences in how these viruses interact with the host's immune system.