Décrypter le rôle de l'épigénome sur l'organisation 3D du génome de la tomate

Deciphering the role of the epigenome on 3D organization in plants

• Auteur / Autrice : Chloé Dias lopes
• Direction : Moussa Benhamed, David Latrasse
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Génétique
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2022
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences du végétal : du gène à l'écosystème (Orsay, Essonne ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : IPS2 - Institut de Sciences des Plantes de Paris-Saclay
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : IPS2
• Partenaire(s) de recherche : Référent : Université Paris-Saclay. Faculté des sciences d’Orsay (Essonne ; 2020-....)

Mots clés

Mots clés libres

Epigénomique

Chromatine

Enhancers

Stress thermique

Epigenomics

Chromatin

Enhancer

Heat Stress

Résumé

La tomate est l'une des plus importantes cultures légumières pour la production et le commerce mondial. Sa consommation devrait augmenter de 60 % d'ici 2050, mais le changement climatique est un obstacle à l'augmentation des rendements. Dans ce contexte, les scientifiques doivent identifier les facteurs génomiques, et notamment les éléments régulateurs contrôlant l'expression des gènes responsables de la tolérance au stress. Dans cette optique, dans le cadre du projet 4D-HEAT, nous proposons de décrypter les mécanismes qui régissent la dynamique de contact entre les promoteurs et les séquences enhancers en réponse au stress thermique. Ce projet est très innovant car il intègre l'épigénome (1D), les données du transcriptome (2D) et l'architecture de la chromatine (3D) avec une dimension temporelle (4D) dans une approche globale pour comprendre comment s'établissent les contacts entre promoteurs et enhancers et également comment ces contacts affectent l'expression des gènes.

Tomatoes are one of the most important vegetable crops for global production and trade. Its consumption is expected to increase by 60% by 2050, but climate change is an obstacle to increasing yields. In this context, scientists need to identify genomic factors, including regulatory elements controlling the expression of genes responsible for stress tolerance. In this context, in the framework of the 4D-HEAT project, we propose to decipher the mechanisms that govern the contact dynamics between promoters and enhancers in response to heat stress. This project is very innovative because it integrates epigenome (1D), transcriptome (2D) and chromatin architecture (3D) data with a temporal dimension (4D) in a global approach to understand how contacts between promoters and enhancers are established and also how these contacts affect gene expression.