Thèse en cours

Inferring molecular mechanisms from single-cell spatial data
FR  |  
EN
Auteur / Autrice : Rémi Trimbour
Direction : Laura CantiniJulio Saez-Rodriguez
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Bioinformatique et biologie des systèmes
Date : Inscription en doctorat le 01/09/2022
Etablissement(s) : Université Paris sciences et lettres
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Complexité du vivant
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de biologie de l'École normale supérieure (Paris ; 2010-....)
Equipe de recherche : Biologie computationnelle des systèmes
établissement opérateur d'inscription : École normale supérieure (Paris ; 1985-....)

Résumé

FR  |  
EN

Les technologies "single-cell" offrent aujourd'hui une opportunité sans précédent d'étudier les méchanismes moléculaires qui gouvernent les identités cellulaires. Les réseaux sont des outils puissant pour reconstruire des tels méchanismes. Leur application est limitée principalement aux données "single-cell" de transcriptomiques. Nous savons pourtant que l'état d'une cellule est déterminé par la collaboration de multiples niveaux moléculaies distincts, ainsi que ces interactions avec les cellules environnantes. Nous souhaitons ici : 1. Reconstruire les méchanismes régulatoires par l'analyse comumne de différents types d'omiques et la position dans l'espace de cellules au sein d'un tissu. 2. Faire des prédictions a partir du réseau inféré en adaptant un formalisme de modélisation booléenne a des réseaux composés de différents niveaux moléculaires et intégrant une composante spatiale et de communication intercellulaire. 3. Comprendre les méchansismes régissant les infarctus du myocarde en appliquant les méthodes développées dans les points 1. et 2. .