Dynamique de la diversité intraspécifique de la truite pendant la transition climatique (Pléistocène-Holocène) dans le refuge glaciaire ibérique.

CRUCIAL: DynamiC of intraspecific diveRsity of troUt during the ClImatic transition (Pleistocene-Holocene) in the Iberian gLacial Refugia.

• Auteur / Autrice : Ambra D'aurelio
• Direction : Françoise Daverat, Joelle Chat
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Physio biologie
• Date : Inscription en doctorat le 07/10/2022
• Etablissement(s) : Pau
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale sciences exactes et leurs applications (Pau, Pyrénées Atlantiques ; 1995-)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : ECOBIOP - Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons

Mots clés

Mots clés libres

Biodiversité

Bioarchéologie

Changements climatiques

Résilience des écosystèmes

Hypothèse de refuge glaciaire

Biodiversity

Bioarchaeology

Climate changes

Ecosystem resilience

Glacial refugium hypothesis

Résumé

La connaissance des états passés de la biodiversité et de leurs transitions est essentielle pour comprendre la dynamique intraspécifique (génétique et phénotypique) de la biodiversité et accroitre notre compréhension de la façon dont la biodiversité intraspécifique réagit au changement climatique dans son ensemble. Notre projet se concentre sur la biodiversité intraspécifique passée de la truite fario (Salmo trutta) au cours de la transition Pléistocène-Holocène dans les refuges glaciaires ibériques et au-delà d'eux, afin de comparer cette biodiversité avec la biodiversité moderne. Le projet utilisera des vertèbres de truites anciennes et modernes collectées le long de la côte atlantique de la péninsule ibérique en tout le sud-ouest de la France, principalement à partir des sites où les données de la période cible (~20ky-6ky jusqu'à aujourd'hui) sont disponibles. Diverses analyses (génétique, sclérochronologie et chimie) seront effectuées sur les vertèbres de chaque échantillon. L'ADN ancien sera utilisé pour déduire la lignée évolutive (mitogenome). La structure de la vertèbre servira à étudier l'âge, la taille et la croissance des truites, tandis que la composition isotopique des vertèbres permettra de renseigner le statut migratoire, la niche trophique et la température passée. La dynamique temporelle de la diversité génétique et phénotypique sera étudiée dans trois sites particuliers où des fouilles archéologiques ont découvert des centaines de restes de salmonidés (Troubat, Santa Catalina et El Miron). De plus, ce projet visera à documenter de quelle façon, après le dernier maximum glaciaire, la truite fario a réagi génétiquement et phénotypiquement en s'étendant vers le nord le long de la côte atlantique. Les activités de pêche passées et présentes seront en outre abordées dans un cadre multidisciplinaire.

The knowledge of past states of biodiversity and transitions is essential to understand the intra-specific (genetic and phenotypic) biodiversity dynamics and broaden our understanding of how intraspecific biodiversity is responding to climate change overall. Our project focuses on the past intraspecific biodiversity of brown trout (Salmo trutta) across the Pleistocene-Holocene transition in the Iberian glacial refugia and beyond, and aims at comparing this biodiversity with the modern one. The project will use past and modern trout vertebrae collected along the Atlantic coast from the Iberian peninsula throughout the southwest of France, mostly retrieved from sites from which the whole target period (~20ky-6ky until today) is available. Coupled analyses (genetics, sclerochronology and chemistry) will be performed on each individual's vertebrae. Ancient DNA will be used to infer evolutionary lineage (mitogenome). The structure of the vertebrae will serve to infer age, body size and growth, while the vertebrae's stable isotope composition will allow the inference of migratory status, trophic niche and experienced temperature. The temporal dynamics of genetic and phenotypic diversity will be investigated within three particular sites where archaeological excavations have uncovered several hundreds of salmonid remains (Troubat, Santa Catalina and El Miron). Moreover, this project will aim at documenting how brown trout responded genetically and phenotypically following the last glacial maximum by shifting its range and expanding northwards along the Atlantic coast. Past and present fishing activities will be also addressed within a multidisciplinary framework.