Les densovirus comme agent de bio-contrôle desvecteurs d'arbovirus émergents

Densoviruses as bio-control agents for emergingemerging arbovirus vectors

• Auteur / Autrice : Audric Berger
• Direction : Christophe Paupy
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : BDI-Biologie des Interactions symbiotiques et parasitaires
• Date : Inscription en doctorat le 01/11/2021
• Etablissement(s) : Université de Montpellier (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale GAIA Biodiversité, agriculture, alimentation, environnement, terre, eau (Montpellier ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : MIVEGEC - Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle

Mots clés

Mots clés libres

Entomologie

Arbovirus

Traits d'histoire de vie

Densovirus

Entomology

Arbovirus

Life history traits

Densovirus

Résumé

Objectif 1 : Etudier l'impact des infections virales mixtes (densovirus/dengue et densovirus/chikungunya), sur la compétence vectorielle, in vivo chez Aedes aegypti aegypti, Aedes aegypti formosus et Aedes albopictus (souche de zones tempérée et tropicale). Pour cela, il est nécessaire de déterminer une dose d'Infection égale ou supérieure à 50% (DI50) pour nos deux souches de densovirus (AalDV2 et AalDV3) au stade adulte. Une fois ces DI50 déterminées, nous étudierons les traits d'histoire de vie au stade adulte afin de vérifier notamment que l'infection persiste suffisamment longtemps et que la longévité des adultes est suffisante afin de pouvoir mettre en place les co-infections. Une fois l'ensemble de ces paramètres validés nous pourrons mettre en place un protocole de co-infection aux arbovirus. Objectif 2 : Réaliser un criblage moléculaire de moustiques de terrain provenant de collectes réalisées au Gabon, en Camargue et au Mexique afin d'évaluer la prévalence des densovirus aux sein de différentes populations naturelles (Afrique, Europe, Amérique) et potentiellement d'identifier de nouvelles souches de densovirus de moustiques. Deux méthodes sont étudiées, la première est l'analyse des échantillons par le séquençage haut débit (NGS) après capture moléculaire virale. Les séquences ainsi obtenues seront analysées avec l'outil PIMGAVir. Il s'agit d'un pipeline métagénomique qui fournit une analyse de base complète de façon automatique. Cet outil permet d'obtenir des assignations taxonomiques selon différentes méthodes (read-based, assembly-based, cluster-based). La seconde méthode est la mise en place d'un outil de détection des densovirus par digital PCR. Cet outil à pour objectif de détecter un large spectre de densovirus infectant les populations de moustiques. Pour cela, nous avons développé des amorces et des sondes à partir de deux séquences consensus (Groupe 1 et 2) à l'ensemble des souches de densovirus infectant les moustiques. Nous devons encore optimiser l'outil avant de pouvoir l'utiliser sur nos échantillons. Objectif 3 : Etudier les modifications phénotypiques et de l'expression des gènes de résistance suite à l'infection aux densovirus. Au cours de cette étude, le phénotype sera mesuré par différents tests insecticides (test en tube, tests larvaires) et nous mesurerons l'expression des gènes impliquées dans différents mécanismes de résistance par une approche de transcriptomique.

Objective 1: To study the impact of mixed viral infections (densovirus/dengue and densovirus/chikungunya), on vector competence, in vivo in Aedes aegypti aegypti, Aedes aegypti formosus and Aedes albopictus (temperate and tropical zone strain). For this purpose, it is necessary to determine an Infection Dose equal or superior to 50% (ID50) for our two densovirus strains (AalDV2 and AalDV3) at the adult stage. Once these ID50 are determined, we will study the life history traits at the adult stage in order to verify in particular that the infection persists long enough and that the longevity of the adults is sufficient to be able to set up the co-infections. Once all these parameters are validated, we will be able to set up a co-infection protocol with arboviruses. Objective 2: To carry out a molecular screening of field mosquitoes from collections made in Gabon, Camargue and Mexico in order to evaluate the prevalence of densoviruses in different natural populations (Africa, Europe, America) and potentially to identify new strains of mosquito densoviruses. Two methods are studied, the first is the analysis of samples by high throughput sequencing (NGS) after viral molecular capture. The sequences thus obtained will be analyzed with the PIMGAVir tool. This is a metagenomic pipeline that provides a complete basic analysis in an automatic way. This tool allows to obtain taxonomic assignments according to different methods (read-based, assembly-based, cluster-based). The second method is the implementation of a densovirus detection tool by digital PCR. This tool aims to detect a wide spectrum of densoviruses infecting mosquito populations. For this, we have developed primers and probes from two consensus sequences (Group 1 and 2) to all strains of densovirus infecting mosquitoes. We still need to optimize the tool before we can use it on our samples. Objective 3: To study phenotypic and resistance gene expression changes following densovirus infection. During this study, the phenotype will be measured by different insecticidal tests (tube test, larval tests) and we will measure the expression of genes involved in different resistance mechanisms by a transcriptomic approach.