Impact de la pandémie de COVID-19 en France sur le profil des infections respiratoires basses de l'adulte hospitalisé, et selon l'existence d'une pathologie respiratoire chronique.

Impact of the COVID-19 pandemic in France on the respiratory infection pattern of hospitalised adults and according to the existence of a chronic respiratory disease.

• Auteur / Autrice : Alexandre Sabate
• Direction : Laurence Watier, Muriel Fartoukh
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Epidémiologie
• Date : Inscription en doctorat le 01/11/2022
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Santé Publique
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre de Recherche en épidémiologie et Santé des populations
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Echappement aux anti-infectieux et pharmaco-épidémiologie
• Partenaire(s) de recherche : Référent : Faculté de médecine

Mots clés

Mots clés libres

Pathologie respiratoire chronique

Santé Publique

Covid-19

Épidémiologie

Infection respiratoire basse

Chronic respiratory disease

Public Health

Covid-19

Epidemiology

Lower respiratory tract infection

Résumé

Les infections respiratoires basses (IRBs) représentent près de la moitié des cas de sepsis hospitalisés et une préoccupation majeure de santé publique. L'incidence et la gravité des IRBs varient avec l'âge, le sexe et les comorbidités avec notamment une proportion importante de pathologies respiratoires chroniques. De même, les variations saisonnières des IRBs posent la question de l'implication des virus respiratoires. L'impact de la pandémie de COVID-19 sur l'épidémiologie, la gravité des IRB ainsi que sur le profil des patients hospitalisés a pu varier tout le long de la pandémie. L'objectif du travail de recherche, est d'étudier l'impact de la pandémie sur les admissions hospitalières pour IRB communautaire de l'adulte dans leur ensemble, et en distinguant certaines populations (pathologie respiratoire chronique préexistante, âge de 65 ans ou plus), ou situations (sepsis). Les données mobilisées pour ce travail sont issues du Programme de médicalisation des systèmes d'information (PMSI) ou du Système National des données de Santé (SNDS). Afin de répondre aux objectifs, le projet sera décliné en 3 volets : l'impact de la pandémie sur (i) les admissions hospitalières pour IRB communautaire ; (ii) les admissions hospitalières pour sepsis associé aux pneumonies aiguë communautaires (PAC) et (iii) le parcours de soins post-hospitalier des patients selon l'existence d'une insuffisance respiratoire chronique préalable. Plusieurs approches statistiques seront abordées : (i) analyse de séries temporelles, (ii) calcul d'incidences, analyses descriptives, (iii) analyse de séquence et régression logistique multinomiale multiple. Ces travaux permettront d'évaluer et de quantifier de quelle manière la pandémie, ainsi que les mesures mises en place afin de réduire sa diffusion, ont pu avoir sur le nombre d'admissions hospitalières pour IRB en général, et au sein de populations à risque. De plus, le sepsis associé au SARS-CoV-2 sera caractérisé et comparé au sepsis associé aux PAC bactériennes ou virales, notamment en termes de profil clinique initial, de gravité et d'évolution au cours de la pandémie. Enfin, l'impact de la COVID-19 sur les parcours de soins et notamment les différences entre les deux premières vagues, mais aussi l'influence potentielle des pathologies respiratoires chroniques seront évalués.

Lower respiratory tract infections (LRTIs) account for nearly half of all hospitalized sepsis cases and are a major public health concern. The incidence and severity of LRTIs are influenced by age, gender and comorbidities, with a high proportion of chronic respiratory diseases. In addition, the seasonal variations of LRTIs raise the question of the involvement of respiratory viruses. The impact of COVID-19 pandemic on the epidemiology and severity of LRTIs and on the characteristics of hospitalized patients may have varied throughout the pandemic. The objective of the study is to measure the impact of the COVID-19 pandemic on hospital admissions for community-acquired LRTIs in adults, by distinguishing specific populations (pre-existing chronic respiratory disease, age 65 years or older), or conditions (sepsis). The data used for this study are obtained from the National Hospital Discharge database (PMSI) or from the French National Health Insurance. In order to answer the questions, the study will be divided into 3 sections: the impact of the pandemic on (i) hospital admissions for community-acquired LRTI; (ii) hospital admissions for sepsis associated with community-acquired pneumoniae (CAP); and (iii) the post-hospital care trajectories of patients according to the existence of a prior chronic respiratory disease. Several statistical approaches will be considered: (i) time series analysis, (ii) incidence rates calculation, descriptive analyses, (iii) sequence analysis and multiple multinomial logistic regression. This study will allow to assess and quantify how COVID-19 pandemic, as well as the measures for preventing its transmission, may have affected the number of hospital admissions for LRTIs in general, and in vulnerable populations. In addition, sepsis associated with SARS-CoV-2 will be characterized and compared to sepsis associated with bacterial or viral CAP, particularly in relation of initial clinical characteristics, severity and outcomes during the pandemic. Finally, impact of COVID-19 on the healthcare pathway, in particular the differences between the first two waves, but also the potential influence of chronic respiratory disease will be assessed.