Thèse en cours

Impact des changements culturels et démographiques sur l'état sanitaire des populations passées

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Auteur / Autrice : Sierra Blunt
Direction : Mélanie PruvostMarie-France Deguilloux
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Anthropologie biologique
Date : Inscription en doctorat le 29/09/2022
Etablissement(s) : Bordeaux
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences et Environnements (Talence, Gironde ; 1999-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : De la Préhistoire à l'Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie (Talence)
Equipe de recherche : EVODIBIO - Evolution et diversité biologique : des organismes aux écosystèmes

Résumé

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Cette thèse a pour objectif d'étudier l'évolution du microbiome oral au cours du temps en fonction des périodes de transition culturelle et démographique majeures. Le tartre dentaire est fréquemment observé dans les populations archéologiques et conserve exceptionnellement bien l'ADN ancien des microbes. Grâce au shotgun metagenomics, il est possible d'obtenir des métagénomes à partir de tartre qui sont représentatifs du microbiome oral ancien. A travers des analyses compositionnelles, fonctionnelles et phylogéographiques, ces métagénomes apportent des informations sur l'alimentation, l'état sanitaire, et la répartition spatio-temporelle des groupes humains et des microbes. Les individus étudiés dans ce projet sont datés du paléolithique jusqu'au Moyen Age et proviennent de quatre régions de la France (les Hauts de France, le Grand Est, l'Occitanie, et la Nouvelle Aquitaine), représentant des populations archéologiques touchées par des vagues de migrations entre le Néolithique et l'Age du Fer. Ce projet propose d'étudier les effets de ces migrations et changements culturels sur le microbiome oral et, également, l'alimentation et la santé systémique. De plus, un lien entre l'origine géographique et le microbiome oral pourrait être interrogé grâce aux génomes à faible couverture des plusieurs individus étudiés.