Comprendre les assemblages microbiens dans les sédiments marins côtiers pour la biorémédiation in-situ.

Understanding Microbial Assemblages in Coastal Marine Sediments for in-situ Bioremediation.

• Auteur / Autrice : Bashar Gulumbe
• Direction : Robert Duran, Cristiana Cravo laureau
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Physio biologie
• Date : Inscription en doctorat le 27/10/2021
• Etablissement(s) : Pau
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences Exactes et leurs Applications
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut des sciences analytiques et de Physico-chimie pour l'Environnement et les Matériaux

Mots clés

Mots clés libres

Actinomycetota

Microcosme

Consortium

Biodégradation

Hydrocarbure

Rhodococcus

Actinomycetota

Microcosm

Consortium

Biodegradation

Hydrocarbon

Rhodococcus

Résumé

Cette recherche examine le rôle des communautés microbiennes dans la dégradation des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) dans les sédiments marins côtiers. L'objectif principal est d'identifier des assemblages microbiens spécifiques responsables de la dégradation des HAP, dans le but ultime d'améliorer les stratégies de bioremédiation in situ. Objectifs du projet : i. Caractériser la diversité et la répartition des assemblages microbiens dans les sédiments marins côtiers. ii. Cribler les souches microbiennes pour déterminer leur capacité à dégrader les HAP. iii. Comprendre les voies métaboliques, les enzymes impliquées, et les rôles fonctionnels plus larges de ces communautés microbiennes dans le contexte de la dégradation des HAP. iv. Discuter des implications des résultats pour améliorer les processus de bioremédiation et concevoir des stratégies efficaces de bioremédiation in situ. Progrès à ce jour : Au cours de l'année écoulée, des progrès significatifs ont été réalisés vers l'atteinte des objectifs du projet : 1. Expériences de colonisation : Tests de colonisation initiés dans des environnements sédimentaires. Des échantillons d'ARN ont été perdus à cause d'une panne du congélateur, entraînant des ajustements dans le flux de travail, mais les progrès se poursuivent. 2. Dynamique de croissance et extraction d'hydrocarbures : Études de croissance de 12 jours avec l'hexadécane et le phénanthrène. Comptage cellulaire et dégradation des hydrocarbures suivis, avec extraction réussie de l'ARN et des hydrocarbures pour analyse. 3. Séquençage du génome entier (WGS) : Séquençage complet du génome terminé pour quatre souches, et analyse génomique comparative des gènes du métabolisme des hydrocarbures initiée. 4. Analyse des données et génomique comparative : Je suis actuellement en train d'analyser les données de WGS, qui révèlent des adaptations génétiques uniques chez Rhodococcus, Gordonia, et Janibacter pour la dégradation des hydrocarbures. 5. Développement de manuscrits : Deux manuscrits de revue rédigés, ainsi qu'un manuscrit sur la dynamique de croissance, la dégradation et la génomique comparative des quatre souches, qui est en cours.

Over the past year, significant advancements have been made towards achieving the project's objectives: 1. Colonization Experiments: Initiated colonization tests in sediment environments. RNA samples were lost due to a freezer malfunction, prompting workflow adjustments, but progress continues. 2. Growth Dynamics & Hydrocarbon Extraction: Conducted 12-day growth studies using hexadecane and phenanthrene. Monitored cell counts and hydrocarbon degradation, with RNA and hydrocarbons successfully extracted for analysis. 3. Whole-Genome Sequencing (WGS): Completed WGS for four strains and initiated comparative genomic analysis of hydrocarbon metabolism genes. 4. Data Analysis & Comparative Genomics: I am currently analyzing WGS data, which reveals unique genetic adaptations in Rhodococcus, Gordonia, and Janibacter for hydrocarbon degradation. 5. Manuscript Development: Drafted two review manuscripts and one manuscript on growth dynamics, degradation, and comparative genomics of the four strains, which is ongoing.