Développement d'appâts chimiques pour la découverte de molécules biologiques de reconnaissance

Development of chemical baits for the discovery of biological recognition molecules

• Auteur / Autrice : Brieuc Le cacher de bonneville
• Direction : Pierre-Loïc Saaidi
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biotechnologies
• Date : Inscription en doctorat le 01/04/2022
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Structure et dynamique des systèmes vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2015-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Génomique métabolique - DRF/JACOB/Génoscope
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Laboratoire de biologie synthétique et systémique
• Partenaire(s) de recherche : Référent : Université d'Évry-Val-d'Essonne (1991-....)

Mots clés

Mots clés libres

Appâts Chimiques

Synthèse organique

Nanobodies

Chlordécone

Hemicryptophanes

Chemical baits

Organic synthesis

Nanobodies

Chlordecone

Hemicryptophanes

Résumé

Le programme de recherche se place d'abord dans le cadre de la recherche de biosondes capables de reconnaitre la chlordécone et ses dérivés via le criblage de nano-anticorps (nanobodies) obtenus par synthèse biologique (Hybrigenics Services). Malgré son interdiction il y a plus de 25 ans, ce pesticide organochloré extrêmement persistant est encore détecté dans le sang de 90% des Antillais. Ce projet vise notamment à utiliser des molécules cages basées sur la chimie supramoléculaire, les hémicryptophanes, connues pour encapsuler la chlordécone. Des appâts chimiques seront fabriqués à partir de ces cages et une sélection en phage display et/ou en Yeast display sera réalisée pour identifier des nanobodies capables de lier l'hémicryptophane uniquement lorsqu'il contient de la chlordécone. L'identification de molécules biologiques capables de lier ces cages supramoléculaires devrait ouvrir de nouvelles voies d'utilisation pour ces molécules. A plus long terme, la maitrise de la sélection de fragments protéiques synthétiques tels que les nanobodies, liant les petites molécules pourrait permettre d'autres applications dans le cadre du travail collaboratif mené conjointement par Hybrigenics Services et l'UMR Génomique Métabolique (en biocatalyse par exemple).

The research program is firstly focused on the search for bioprobes capable of recognizing chlordecone and its derivatives via the screening of nano-antibodies (nanobodies) obtained by biological synthesis (Hybrigenics Services). Despite its banning more than 25 years ago, this extremely persistent organochlorine pesticide is still detected in the blood of 90% of West Indians. This project aims to use cage molecules based on supramolecular chemistry, hemicryptophanes, known to encapsulate chlordecone. Chemical baits will be manufactured from these cages and a selection in phage display and/or in Yeast display will be carried out to identify nanobodies able to bind the hemicryptophan only when it contains chlordecone. The identification of biological molecules able to bind these supramolecular cages should open new ways of use for these molecules. In the longer term, the mastery of the selection of synthetic protein fragments such as nanobodies, binding small molecules could allow other applications within the framework of the collaborative work carried out jointly by Hybrigenics Services and the UMR Metabolic Genomics (in biocatalysis for example).