Identification de nouveaux antigènes tumoraux de surface dans les lymphomes non hodgkiniens T pouvant être ciblés par thérapie cellulaire à base de CAR

Identification of novel tumor surface antigens in non-Hodgkin's T lymphoma targetable by CAR-based cell therapy

• Auteur / Autrice : David Beauvais
• Direction : Ibrahim Yakoub-agha
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé - MED
• Date : Inscription en doctorat le 30/11/2021
• Etablissement(s) : Université de Lille (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Biologie-Santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Protéomique, Réponse Inflammatoire et Spectrométrie de Masse

Mots clés

Mots clés libres

Lymphome non hodgkinien T

Protéine alternative

CAR T-cell

Peripheral T-cell lymphoma

Alternative protein

CAR T-cell

Résumé

Les lymphomes non hogkiniens (LNH) T ou PTCL représentent 10 à 15% des LNH et ont un pronostic défavorable. Les CAR T-cell anti-CD19 ont montré des résultats d'efficacité importants dans les hémopathies lymphoïdes B mais ne sont actuellement pas utilisables dans les hémopathies lymphoïdes T en raison de l'absence de cible tumorale spécifique identifiée. Les protéines alternatives (AltProts) sont une nouvelle classe de protéines issues d'un cadre de lecture alternatif de l'ARN messager ou de sa partie non codante et sont les principales sources d'antigènes spécifiques à la tumeur dans différentes néoplasies. L'objectif de ce travail est d'identifier une ou plusieurs nouvelles cibles antigéniques tumorales, spécifiques, stables, exprimée à la surface de la cellule dans les PTCL. Dans un premier temps, une analyse transcriptomique des ARN totaux sera réalisée sur lymphocytes T tumoraux et sains et les protéines alternatives seront identifiées grâce à un alignement étendu aux régions 3', 5' et tous les codons « start » potentiels présents sur tous les transcrits identifiés. Cette banque de données de protéines de référence et alternatives sera utilisée afin d'identifier de nouvelles cibles de surface spécifiques des lymphocytes T tumoraux grâce à un analyse de surfaceome utilisant une biotine imperméable aux membranes. L'enrichissement des protéines membranaires sera vérifé par des analyses de « Gene Ontology ». Enfin la spécificité des cibles identifiées sur tissus sera validée par immunoblot et immunohistochimie dans les lymphocytes tumoraux et sains. La présence de domaines transmembranaires sera vérifiée d'une part avec le logiciel InterProScan et d'autre part en faisant exprimer ces protéines dans les cellules avec des vecteurs d'expression fluorescents. Les cibles, pour lesquelles une localisation membranaire a été validée, seront sélectionnées et des anticorps à façon produits par la plateforme Genac permettront de vérifier l'expression des cibles sur un panel de tissus humains sains et tumoraux. La conclusion de ce travail sera la sélection d'une ou plusieurs cibles tumorales spécifiques pour de futurs développements d'immunothérapies de type CAR.

T-cell non-Hogkin's lymphoma (NHL) or PTCL represents 10 to 15% of NHL and has a poor prognosis. Anti-CD19 T-cell CARs have shown significant efficacy in B-cell lymphoid hemopathies but are currently not applicable to T-cell lymphoid hemopathies due to the lack of an identified specific tumor target. Alternative proteins (AltProts) are a new class of proteins derived from an alternative reading frame of the messenger RNA or its non-coding part and are the main sources of tumor-specific antigens in different neoplasias. The objective of this work is to identify one or more novel, specific, stable tumor antigenic targets expressed at the cell surface in PTCL. First, a transcriptomic analysis of total RNAs will be performed on tumor and healthy T lymphocytes and alternative proteins will be identified through an extended alignment to the 3', 5' regions and all potential start codons present on all identified transcripts. This database of reference and alternative proteins will be used to identify new tumor T cell specific surface targets through surfaceome analysis using membrane impermeable biotin. Enrichment of membrane proteins will be verified by Gene Ontology analysis. Finally, the specificity of the identified targets on tissues will be validated by immunoblot and immunohistochemistry in tumor and healthy lymphocytes. The presence of transmembrane domains will be verified with InterProScan software and by expressing these proteins in cells with fluorescent expression vectors. The targets, for which a membrane localization has been validated, will be selected and custom-made antibodies produced by the Genac platform will allow to verify the expression of the targets on a panel of healthy and tumoral human tissues. The conclusion of this work will be the selection of one or more specific tumor targets for future development of CAR-type immunotherapies.