Mieux comprendre la dynamique épidémique de la cercosporiose noire des bananiers pour concevoir des méthodes de contrôle innovantes

Better understand the epidemic dynamics to propose innovative control methods against black Sigatoka in bananas

• Auteur / Autrice : Marine Seidel
• Direction : Catherine Abadie
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : BDI-Ecologie de la santé et Epidémiologie
• Date : Inscription en doctorat le 01/02/2022
• Etablissement(s) : Montpellier, SupAgro
• Ecole(s) doctorale(s) : Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : PHIM - Plant Health Institute Montpellier

Mots clés

Mots clés libres

Variétés résistantes

Spores

Inoculum

Dynamique épidémique

Infection

Microclimat

Inoculum

Epidemic dynamics

Resistant varieties

Spores

Infection

Microclimate

Résumé

Le contrôle chimique des maladies des plantes est souvent peu durable, couteux (donc non accessibles aux petits producteurs) et néfastes sur l'environnement. L'utilisation de variétés résistantes est un des leviers de la gestion agroécologique des maladies à dispersion aérienne. Cependant, l'expérimentation de différents scénarios spatiaux d'utilisation de variétés résistantes est difficile et nécessite beaucoup d'espace et de temps surtout dans le cas de plantes de grande taille à cycle de culture long. Ainsi, dans le cas de la lutte contre la cercosporiose noire, principale maladie foliaire du bananier, des modèles épidémiologiques sont en cours de développement (au CIRAD). Or, la paramétrisation de ces modèles (dont les inoculums) est extrêmement importante pour la qualité prédictive des modèles qui seront utilisés pour optimiser l'utilisation des fongicides ou des variétés de bananiers résistants. Alors que les distances de dispersion des deux types de spores produits par le champignon sont connues, la composition des inoculums et la dynamique d'infection par les différents types de spores restent très mal connue, informations pourtant essentielles pour optimiser ou concevoir des méthodes innovantes de contrôle de la maladie (comme l'utilisation de variétés résistantes). C'est pourquoi l'objectif de la thèse est de mieux comprendre les dynamiques d'inoculum et d'infection des bananiers par la cercosporiose noire dans différentes conditions environnementales. Les travaux porteront plus particulièrement (i) sur la composition en spores (conidies et ascospores) de l'allo-inoculum et l'auto-inoculum et (ii) sur la part relative de ces deux types d'inoculum dans l'infection des feuilles de bananiers. Ces dynamiques d'inoculum et d'infection seront étudiées en fonction de facteurs microclimatiques (sur les feuilles) et variétaux (de niveau de résistance à la maladie variable). Ainsi, les connaissances sur la composition qualitative et quantitative des inoculums et sur la dynamique d'infection des feuilles permettront d'optimiser les méthodes de lutte actuelles (gestion des fongicides) et de concevoir des méthodes agroécologiques adaptées (gestion spatiale de la maladie, mélanges variétaux)

Chemical control of plant diseases is often unsustainable, expensive (therefore not accessible to small producers) and harmful to the environment. The cultivation of resistant varieties is one of the levers in the agroecological management of airborne diseases. However, experimenting with different spatial scenarios of resistant varieties cultivation is difficult and space and time consuming, especially in the case of plants with a long cultivation cycle. Thus, in the case of the fight against black Sigatoka, the major foliar disease of bananas, epidemiological models are being developed (at CIRAD). However, the parametrization of these models (including inocula) is extremely important for the predictive quality of the models that will be used to optimize the use of fungicides or resistant banana varieties. While the dispersal distances of the two types of spores produced by the fungus are known, the composition of inocula and the dynamics of infection by the different types of spores remain very poorly understood, information which is nevertheless essential for optimizing or designing innovative control methods. Thus, the objective of the phD suject is to better understand the plant infection and inoculum dynamics of black Sigatoka under different environmental conditions. The work will focus more particularly on (i) the spore composition (conidia and ascospores) of the allo-inoculum and the auto-inoculum and (ii) the relative part of these two types of inoculum in the infection of banana leaves. These inoculum and infection dynamics will be related to microclimatic (on the leaves) and varietal factors (of variable disease resistance level). Thus, knowledge of the qualitative and quantitative composition of inocula and of leaf infection dynamics will allow to optimize current control methods (fungicide strategy) and to design suitable agroecological methods (spatial management, varietal mixtures).