Diversité et caractérisation du Coronavirus circulant chez les chauves-souris au Cambodge

Diversity and characterization of Coronaviruses circulating in bats in Cambodia

• Auteur / Autrice : Tey Putita Ou
• Direction : Julien Cappelle, Veasna Duong
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : BDI-Biotechnologie, Microbiologie
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2021
• Etablissement(s) : Université de Montpellier (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale GAIA Biodiversité, agriculture, alimentation, environnement, terre, eau (Montpellier ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : ASTRE - Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes

Mots clés

Mots clés libres

Cambodge

Coronavirus

Chauves-souris

Cambodia

Bats

Coronaviruses

Résumé

En Asie du Sud-Est, une grande diversité de coronavirus circule dans les populations de chauves-souris ; y compris le CoV lié au SARS chez les chauves-souris en fer à cheval du sud de la Chine (Rhinolophus spp.). Dans des travaux récents de l'Institut Pasteur au Cambodge, un CoV étroitement lié au CoV de chauve-souris RaTG13 SARS-CoV-2 (SC2r-CoV) a été détecté chez deux chauves-souris Rhinolophus Shameli dans la province de Stung Treng. La similarité des nucléotides avec le SRAS-CoV-2 humain sur la base du génome complet est d'environ 92,6 %. Les CoV de chauve-souris sont répandus dans le monde entier et ont une grande diversité génétique, représentant près de 60% de toutes les espèces connues d'alpha et de bêtacoronavirus. On pense que certains de ces CoV de chauves-souris ont des répercussions possibles sur les humains et différentes espèces de mammifères. Bien qu'il soit difficile de prédire la propagation et l'émergence possibles d'un nouveau coronavirus de chauve-souris, une surveillance active et des outils à jour sont important. L'objectif général de notre étude est d'évaluer la diversité et de caractériser les coronavirus et autres virus potentiellement zoonotiques circulant dans plusieurs espèces de chauves-souris (dont Rhinolophus sp.) au Cambodge grâce à une surveillance longitudinale. Cette étude a été conçue pour découvrir, classer et caractériser les coronavirus de chauve-souris (y compris le SC2r-CoV) afin d'informer et de faciliter la surveillance et la préparation à une pandémie en utilisant le séquençage de nouvelle génération (NGS), le séquençage métagénomique (mNGS) et différentes approches pour effectuer certaines analyses évolutives impartiales des CoV de chauve-souris qui prennent en considération leur grande diversité génétique.

In Southeast Asia, a large diversity of coronaviruses is known to circulate in bat populations; including SARS related CoV in southern China horseshoe bats (Rhinolophus spp.). In recent work by the Institut Pasteur in Cambodia, a CoV closely related to bat RaTG13 SARS-CoV-2 related CoV (SC2r-CoV) was detected in two Rhinolophus shameli bats in Stung Treng province. The nucleotide similarity with human SARS-CoV-2 based on complete genome is about 92.6%. Bat CoVs are widespread worldwide and has high genetic diversity, representing almost 60% of all known Alpha- and Betacoronavirus species. It is commonly believed that some of these bat CoVs have the capacity to spillover into humans and different mammalian species. Although, it is difficult to predict the possible spillover and emergence of new bat coronavirus, active surveillance and up to date tools are crucial. The general objective of our study is to assess the diversity and characterize coronaviruses and other potentially zoonotic viruses circulating in multiple bat species (including Rhinolophus sp.) in Cambodia through longitudinal surveillance. This study has been designed to discover, classify and characterize bat coronaviruses (including SC2r-CoV) to inform and facilitate surveillance and pandemic preparedness by using next-generation sequencing (NGS), metagenomic sequencing (mNGS) and different approaches to make certain impartial evolutionary analysis of bat CoVs that take into consideration their high genetic diversity.