SURVEILLANCE GENOMIQUE DES VIRUS ENVELOPPES EMERGENTS DANS LES EAUX USEES : IMPORTANCE DE LA QUALITE ET DE L'INTEGRITE DU GENOME VIRAL

GENOMIC SURVEILLANCE OF EMERGING ENVELOPED VIRUSES IN WASTEWATER: IMPORTANCE OF VIRAL GENOME QUALITY AND INTEGRITY

• Auteur / Autrice : Ahlam Chaqroun
• Direction : Isabelle Bertrand, Christophe Gantzer
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Sciences de la Vie et de la Santé - BioSE
• Date : Inscription en doctorat le 27/10/2021
• Etablissement(s) : Université de Lorraine
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale BioSE - Biologie, Santé, Environnement
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : LCPME - Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Microbiologie environnementale

Mots clés

Mots clés libres

Génome

Emergence

Virus enveloppés

Eaux usées

Intégrité

Genome

Emergence

Enveloped viruses

Wastewater

Integrity

Résumé

L'épidémiologie basée sur les eaux usées permet de suivre la présence dans la population de différents agents pathogènes dont le SARS-CoV-2 (Mousazadeh et al., 2021) qui est un virus enveloppé à excrétion fécale pourtant principalement connu pour son excrétion respiratoire. Dans le cadre de la pandémie de COVID‐19, des réseaux nationaux (réseau Emergendb‐SpF/ANRS‐MIE dont la Virologie du CHRU de Nancy pour les patients, réseau Obépine pour les eaux usées dont le LCPME est un membre fondateur) réalisent un suivi du génome du SARS‐CoV‐2 respectivement chez les individus infectés et dans les eaux usées brutes. Les concentrations en génome de SARS‐CoV‐2 dans les eaux usées ont été reliées à l'incidence de ce virus dans la population humaine. Les eaux usées peuvent également être envisagées pour le suivi de la variabilité génétique de ce virus dans l'ensemble de la population humaine, y compris chez les personnes asymptomatiques. Toutefois, ceci nécessite des méthodes adaptées à la mise en évidence des virus émergents dans l'environnement par séquençage. En complément du séquençage des ARN viraux issus de l'environnement, nous nous intéresserons à l'intégrité des ARN viraux en fonction de leur origine (clinique, environnementale ou expérimentale) et à la relation entre intégrité des ARN et infectiosité des particules virales.

Wastewater-based epidemiology makes it possible to monitor the presence in the population of different pathogens including SARS-CoV-2 (Mousazadeh et al., 2021) which is an enveloped virus with faecal excretion yet mainly known for its respiratory excretion. In the context of the COVID-19 pandemic, national networks (Emergendb-SpF/ANRS-MIE network, including the Virologie du CHRU de Nancy for patients, Obépine network for wastewater, of which the LCPME is a founding member) are carrying out a tracking of the SARS‐CoV‐2 genome in infected individuals and wastewater respectively. SARS-CoV-2 genome concentrations in wastewater have been linked to the incidence of this virus in the human population. Wastewater can also be considered for tracking the genetic variability of this virus in the whole human population, including in asymptomatic people. However, this requires methods adapted to the identification of emerging viruses in the environment by sequencing. In addition to the sequencing of viral RNAs from the environment, we will focus on the integrity of viral RNAs according to their origin (clinical, environmental or experimental) and the relationship between RNA integrity and infectivity of viral particles.