Répartition temporelle et spatiale de la communauté de rétrotransposon du génome de la Drosophile.

Temporal and spatial niche partitioning in a retrotransposon community of the Drosophila genome.

• Auteur / Autrice : Marion Varoqui
• Direction : Séverine Chambeyron, Charlotte Grimaud
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie Santé
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2021
• Etablissement(s) : Université de Montpellier (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : IGH - Institut de Génétique Humaine
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : ARN non codants, épigénétique et stabilité génomique

Mots clés

Mots clés libres

Éléments transposables

Évolution

Épigénétique

Drosophiles

Transposable elements

Evolution

Epigenetics

Drosophila

Résumé

Les génomes eucaryotes contiennent de grandes quantités de séquences d'ADN étrangères, appelées éléments transposables (ET), qui se répliquent en s'insérant aléatoirement dans le génome de l'hôte. Bien que leur transposition provoque souvent des effets délétères sur le génome de l'hôte, pouvant conduire à des maladies, leur persistance dans tous les organismes, des bactéries aux humains, suggère qu'ils peuvent également avoir des rôles positifs, empêchant leur totale contre-sélection. Le but de ce projet est d'étudier la biologie des ET depuis le mécanisme moléculaire de leur répression, impliquant des petits ARN régulateurs (piARNs) dans les cellules ovariennes somatiques et germinales de la drosophile, jusqu'à l'impact de leurs invasions sur le génome de l'hôte et son adaptation aux stress environnementaux. Nous résoudrons trois grandes questions : Quelles sont les fonctions de trois nouveaux acteurs impliqués dans la biogenèse des piARNs ? La sélection négative contribue-t-elle à contrôler l'invasion des ET ? Les stress environnementaux ont-ils un impact sur le paysage génomique des ET ?

Eukaryotic genomes contain large amounts of foreign DNA sequences,called transposable elements (TE), which replicate by inserting themselves randomly into the host genome. Although their transposition often causes deleterious effects on the host genome, which can lead to diseases, their persistence in all organisms, bacteria to humans, suggests that they may also have positive roles, preventing their total counter-selection. The aim of this project is to study the biology of TE from the molecular mechanism of their repression, involving small regulatory RNAs (piRNAs) in somatic and germinal Drosophila ovary cells, up to the impact of their invasions on the host genome and its adaptation to stresses environmental. We will solve three main questions: What are the functions of three new players involved in the biogenesis of piRNAs? Negative selection help control the TE invasion? Do environmental stresses have an impact on the genomic landscape of TEs?