Thèse en cours

Optimisation thérapeutique in silico pour l'oncologie : Applications aux sphéroïdes cancéreux

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Auteur / Autrice : Florian Cogoni
Direction : Sylvain Cussat-blancValérie Dastugue-Lobjois
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Informatique et Télécommunications
Date : Inscription en doctorat le 01/10/2019
Etablissement(s) : Toulouse 1
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Mathématiques, informatique et télécommunications (Toulouse)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : IRIT : Institut de Recherche en Informatique de Toulouse
Equipe de recherche : REVA - Réel Expression Vie Artificielle

Résumé

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La lutte contre le cancer est un enjeu sociétal majeur du fait des millions de nouveaux cas diagnostiqués chaque année. Dans ce projet de thèse, qui s’inscrit dans le cadre d’une collaboration établie depuis plusieurs années entre une équipe de biologistes du cancer (équipe ITAV-IP3D) et une équipe d’informatique (équipe IRIT-REVA), nous proposons de construire une plateforme de simulation de croissance de microtumeurs en 3D dans différentes conditions environnementales. Cette plateforme permettra la réalisation d’expériences dans un environnement virtuel 3D dans lequel la physique et la physiologie cellulaire seront simulées. L’objectif est que cette plateforme puisse devenir un outil pour les biologistes permettant l’exploration et la mise au point de protocoles expérimentaux permettant d’optimiser des stratégies de traitement. Des protocoles standardisés d’expériences à réaliser in vitro seront établis pour l’obtention de données minimales permettant la calibration des modèles numériques. Les biologistes pourront alors interagir avec les simulations en modifiant les paramètres de la simulation, tout comme ils pourraient le faire au laboratoire par des approches biologiques ou pharmacologiques. Le but ultime d’une telle plateforme est de permettre aux biologistes, de la manière la plus versatile possible, d’évaluer rapidement de multiples hypothèses in silico avant de réaliser des expériences in vitro lourdes et coûteuses.