Analyse quantitative d'imagerie grand volume en neurobiologie du développement

Quantitative analysis of large volume imaging in developmental neurobiology

• Auteur / Autrice : Clément Caporal
• Direction : Emmanuel Beaurepaire
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Informatique, données, IA
• Date : Inscription en doctorat le 28/09/2021
• Etablissement(s) : Institut polytechnique de Paris
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale de l'Institut polytechnique de Paris
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : LOB - Laboratoire d'Optique et Biosciences

Mots clés

Mots clés libres

Microscopie de fluorescence grand volume

Neurobiologie du développement

Apprentissage statistique

Science des données

Large scale fluorescence microscopy

Developemental neurobiology

Machine learning

Data science

Résumé

Le laboratoire développe des technologies d'acquisition d'image sur de grand volume, pour des études de biologie du développement par exemple. Ces grands volumes nécessitent des développements spécifiques en informatique, analyse d'image et science des données pour leur intégration dans les projets biologiques. Cette thèse a pour but le développement de workflows d'analyse de grands volumes de microscopie multi-couleur, en réutilisant et faisant avancer l'état de l‘art en « bioimage informatics ». On s'attachera particulièrement à l'intégration des données d'issues de ces analyses pour faire avancer notre compréhension du développement et de la connectomique du cervelet dans le cadres des projets interdisciplinaires de neurobiologie du développement donc ils font partie intégrante.

The laboratory develops large volume image acquisition technologies, in particular for developmental biology studies. These large volumes require specific developments in computer science, image analysis and data science for their integration into biological projects. This thesis aims to develop large volume analysis workflow of multi-color microscopy, reusing and advancing the state of the art in bioimage informatics. Particular attention will be paid to the integration of data from these analyzes to advance our understanding of the development and connectomics of the cerebellum in the framework of interdisciplinary developmental neurobiology projects they are an integral part of.