Prédiction génomique du potentiel adaptatif de populations dans un nouvel environnement : application aux espèces envahissantes

Genomic prediction of population adaptive potential in a new environment : application to invasive species

• Auteur / Autrice : Louise Camus
• Direction : Mathieu Gautier, Simon Boitard
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : EERGP-Biologie et Ecologie Evolutives
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2021
• Etablissement(s) : Montpellier, SupAgro
• Ecole(s) doctorale(s) : Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : CBGP - Centre de Biologie pour la Gestion des Populations
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Ecologie et génétique évolutive des populations

Mots clés

Mots clés libres

Génomique des populations

Espèces envahissantes

Adaptation

Drosophila suzukii

Décalage génomique

Population genomics

Invasive species

Adaptation

Drosophila suzukii

Genomic Offset

Résumé

La sélection génomique pratiquée depuis une vingtaine d'années sur les animaux de rente a démontré qu'il était possible de prédire le potentiel génétique d'un individu au regard d'une contrainte sélective donnée. Avec le développement des technologies de séquençage à haut-débit, cette approche prédictive commence à être appliquée à l'échelle de populations. L'objectif de la thèse est de développer et d'évaluer des approches de prédiction génomique populationnelle afin de prédire le potentiel adaptatif d'une population placée dans un nouvel environnement donné. Les applications considérées pendant la thèse concerneront la prédiction du risque d'établissement à court-terme de populations envahissantes d'insectes dans une nouvelle aire géographique caractérisée par un ensemble de facteurs biotiques et abiotiques (p.e., variables bio-climatiques, plante hôte). Les méthodes développées seront évaluées à l'aide de données simulées puis validées sur des données acquises au laboratoire sur la mouche Drosophila suzukii et la coccinelle asiatique Harmonia axyridis.

The genomic selection of livestock over the last twenty years has shown that it is possible to predict an individual's genetic potential in the light of a given selective constraint. With the development of high-throughput sequencing technologies, this predictive approach is beginning to be applied on a population scale. The aim of the thesis is to develop and evaluate population genomic prediction approaches in order to predict the adaptive potential of a population placed in a given new environment. The applications considered during the thesis will concern the prediction of the risk of short-term establishment of invasive insect populations in a new geographical area characterised by a set of biotic and abiotic factors (e.g. bio-climatic variables, host plant). The methods developed will be evaluated using simulated data and then validated on data acquired in the laboratory on the fly Drosophila suzukii and the Asian ladybird Harmonia axyridis.