Thèse en cours

Biologie des populations et déterminants génétiques de la pathogénie des agents de l'helminthosporiose de l'orge
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Auteur / Autrice : Julie Ramirez
Direction : Pierre Gladieux
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Evolution des systèmes infectieux
Date : Inscription en doctorat le 01/03/2021
Etablissement(s) : Montpellier, SupAgro
Ecole(s) doctorale(s) : Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : PHIM - Plant Health Institute Montpellier

Résumé

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Les maladies fongiques des céréales menacent régulièrement la production et limitent les rendements. Leur contrôle nécessite de recourir à l'utilisation massive de fongicides dommageables pour l'environnement et la santé humaine. Une alternative à l'utilisation de fongicides est la diversification des cultures. Tester l'efficacité de ces méthodes alternatives dans un contexte de changement climatique nécessite de comprendre l'adaptation des eukaryotes microbiens aux environnements changeants hétérogènes. Les mycètes phytopathogènes des céréales sont d'excellent modèles pour ce type d'étude. Pour l'orge d'hiver Français, la maladie fongique la plus fréquente et nuisible est l'helminthosporiose, causée par un complexe d'espèces des genres Pyrenophora et Cochliobolus. Cependant, le principe d'exclusion compétitive prévoit que différents pathogènes ne devraient pas pouvoir coexister sur le même hôte, ce qui pose la question des facteurs qui permettent le maintien en syntopie des pathogènes responsables de l'helminthosporiose. Dans ce projet de thèse, nous proposons de combiner mesures de pathogénicité, génomique comparative et génomique des populations pour élucider les facteurs expliquant la coexistence des pathogènes de l'helminthosporiose en France. Les questions suivantes seront étudiées : - Quels sont les contours précis des lignées génétiques causant les symptômes de l'helminthosporiose de l'orge d'hiver, et quel est leur statut exact (espèces, lignées divergentes, populations) ? - A quelles échelles précises ces différents taxa pathogènes coexistent-ils (région, parcelle, plante) ? - Quels sont les principaux déterminants génétiques de la pathogénie dans ces différentes lignées (effecteurs, gènes d'avirulence, autres), et où sont-ils localisés dans les génomes ? - Quels facteurs expliquent la coexistence des taxa pathogènes aux échelles observées (climat, organe, variété hôte, paysage variétal local) ?