Thèse soutenue

Modélisation de la transmission du virus de l’Hépatite C en milieu hospitalier : De l’évaluation au contrôle, application au contexte égyptien
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Auteur / Autrice : Paul Henriot
Direction : Laura TemimeKévin Jean
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sécurité sanitaire. Biologie des populations et écologie
Date : Soutenance le 17/11/2023
Etablissement(s) : Paris, HESAM
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences des métiers de l'ingénieur
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : MESuRS - Laboratoire Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques pour la sécurité sanitaire - Laboratoire Modélisation, Epidémiologie et Surveillance des risques sanitaires
établissement de préparation de la thèse : Conservatoire national des arts et métiers (France ; 1794-....)
Jury : Président / Présidente : Fabrice Carrat
Examinateurs / Examinatrices : Laura Temime, Kévin Jean, Fabrice Carrat, Sylvie Deuffic-Burban, Jean-Ralph Zahar, Marie-Claude Boily, Margarita Pons Salort
Rapporteurs / Rapporteuses : Sylvie Deuffic-Burban, Jean-Ralph Zahar

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Le virus de l’hépatite C (VHC) est un pathogène transmis par le sang. La majorité des infections qu’il cause (50 à 80%) devient chronique et il est à l’origine de multiples complications comme les cirrhoses ou les cancers hépatiques. L’Egypte est pays historiquement associé à la plus importante prévalence d’infections chroniques au VHC dans le monde. Afin de réduire ce fardeau, le gouvernement égyptien a mis en place dès 2018 une campagne de test et de traitement de masse à l’échelle nationale. Le rôle des hôpitaux dans la dynamique de transmission du VHC est encore imparfaitement compris, notamment lorsque les mesures de contrôle infectieux ne sont pas optimales. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse était d’étudier la transmission intra-hospitalière du VHC et de proposer des outils afin de réduire sa propagation.Dans un premier temps, nous avons exploré les mesures d’associations existantes entre les infections au VHC et un certain nombre de procédures hospitalières afin d’obtenir des estimations, au travers d’une méta-analyse, des risques d’infection pour chacune des procédures. Nous avons pu montrer que la majorité des procédures invasives étaient associées à un risque accru d’infection au VHC. En particulier celui-ci était plus important pour les transplantations et le soin aux plaies et moindre pour les endoscopies et les procédures dentaires.Par la suite, nous avons étudié le risque iatrogène d’acquisition du VHC à partir de données récoltées en 2017 dans l’hôpital Ain Shams du Caire. Un modèle d’évaluation du risque pour les patients a été proposé et des profils de patients et de services à risque ont pu être déterminés au sein de l’hopital. En particulier, nous avons pu distinguer 4 trajectoires types de patients au sein de l’hopital et le risque d’infection semblait plus important pour les patients hospitalisés dans le département de médecine interne que pour ceux hospitalisés dans le département de chirurgie. Un score de risque basé sur les données récoltées à l’admission a ensuite pu être proposé et la simulation numérique d’interventions simples a permis de déterminer l’efficacité relative de leur mise en place auprès de tous les patients par rapport à une mise en place dans les services les plus à risque.Pour finir, nous avons proposé un modèle dynamique individu-centré de la transmission de pathogènes transmissibles par le sang au sein d’un hopital et l’avons en particulier alimenté avec les données récoltées précédemment dans l’Hopital Ain Shams. Ainsi, nous avons pu simuler sur une année le nombre de nouvelles infections liées à la réutilisation de matériel contaminé au sein d’un hopital dans le contexte du VHC en Egypte, mais avons aussi pu l’étendre avec l’étude de la propagation hospitalière du virus de l’hépatite B (VHB) en Ethiopie. Ces analyses ont été complétée par la simulation d’interventions visant à réduire le nombre de nouvelles infections aux sein de ces hôpitaux.Ce travail a mis en avant l’existence d’un risque accru de transmission du VHC par différentes procédures invasives. D’autre part, il a permis d’améliorer la compréhension de la transmission du VHC en milieu hospitalier, en particulier dans le contexte Egyptien. Les outils mathématiques qui y sont proposés permettent une multiplicité d’applications, et ceux-ci pourraient servir dans le cadre du contrôle de la diffusion de pathogènes transmissibles par le sang dans de nombreux contextes.