Changements Globaux, Fragmentation et génomique. Peut-on estimer l'histoire des populations à partir de génomes?

par Armando Arredondo Soto

Projet de thèse en Mathématiques et Applications

Sous la direction de Lounès Chikhi.

Thèses en préparation à Toulouse, INSA , dans le cadre de École doctorale Mathématiques, informatique et télécommunications , en partenariat avec Institut de mathématiques de Toulouse (2007-....) (laboratoire) depuis le 09-01-2018 .


  • Résumé

    Les nouvelles technologies de séquençage ADN nous permettent depuis quelques années d'avoir suffisamment de données pour analyser très finement les différences entre les chromosomes d'un même individu diploïde. De ce fait, de nombreuses méthodes stochastiques et statistiques ont vu le jour, capables d'inférer une certaine « histoire démographique » de la population ancestrale ainsi analysée. A ce jour, seule la variation de la « taille » de la population ancestrale est estimée avec précision, à condition de supposer que cette population est bien « mélangée », c'est-à-dire qu'elle n'est pas cloisonnée trop fortement en sous-population. De très récents travaux (Mazet et al. 2016) permettent d'aller plus loin dans cette analyse, en prenant en compte la « structuration » de la population ancestrale. Ce projet permettra d'approfondir l'exploration des données dans le but de déterminer de manière particulièrement précise divers nouveaux scénarios de l'histoire évolutive. Des applications immédiates sont en particulier attendues pour la conservation des espèces, pour l'évaluation de l'impact de la domestication, etc.

  • Titre traduit

    Global change, fragmentation and genomics. Could we estimate population history from DNA sequences?


  • Résumé

    The new DNA sequencing technologies have allowed us for some years to have enough data to analyze very finely the differences between the chromosomes of the same diploid individual. As a result, numerous stochastic and statistical methods have emerged, capable of inferring a certain 'demographic history' of the ancestral population thus analyzed. To date, only the variation in the 'size' of the ancestral population is accurately estimated, assuming that this population is indeed 'mixed', that is, it is not partitioned too thinly. strongly in subpopulation. Recent work (Mazet et al., 2016) allows us to go further in this analysis, taking into account the 'structuring' of the ancestral population. This project will deepen the exploration of data in order to specifically determine various new scenarios in evolutionary history. In particular, immediate applications are expected for species conservation, for assessing the impact of domestication, etc.