Informer les flux d'organismes invasifs liés aux transports commerciaux: validation d'outils moléculaires haut-débit pour le suivi de la mouche orientale des fruits, Bactrocera dorsalis (BACTRACK)

par Emeline Charbonnel

Projet de thèse en Génétique et génomique

Sous la direction de Thierry Lefrançois, Carine Brouat et de Marie-Pierre Chapuis.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau , en partenariat avec CBGP - Centre de Biologie et de Gestion des Populations (laboratoire) depuis le 01-10-2020 .


  • Résumé

    La mouche orientale des arbres fruitiers, Bactrocera dorsalis, native de l'Inde, l'Asie du Sud-Est et la Chine subtropicale, s'est récemment imposée comme un ravageur majeur en arboriculture et maraîchage en Afrique sub-saharienne et dans l'Océan Indien. L'espèce est un organisme réglementé dans de nombreux pays et dans l'UE, où elle est fréquemment interceptée aux points d'entrée. Depuis peu, elle est également capturée hors des zones des points d'entrée, dans le cadre du plan de surveillance européen (e.g. Autriche, France, Italie). Nous sommes actuellement démunis pour retracer l'origine géographique de ces interceptions et par conséquent pour informer et orienter les stratégies de contrôle. Par ailleurs, les processus de recolonisation saisonnière des vergers dans les zones déjà envahies, en particulier le rôle de la dispersion passive, reste à ce jour fortement méconnus. Les marqueurs SNP générés massivement par séquençage haut-débit couplés à des méthodes innovantes d'inférence ouvrent un espoir nouveau pour combler ces manques. Ce projet a pour ambition de développer et valider des outils communs pour identifier (1) l'origine géographique des mouches de quarantaine capturées par les services chargés de l'inspection phytosanitaire européenne et (2) les routes de commerce de la mangue pouvant jouer un rôle dans les recolonisations saisonnières des vergers sénégalais en début de saison de production. De plus, nous dériverons un kit de diagnostic moléculaire pour l'identification rapide des zones à surveiller au niveau du contrôle phytosanitaire ainsi que des recommandations méthodologiques pour d'autres espèces d'insectes invasives. Les résultats permettront de mieux orienter l'effort de contrôle sur les filières et frontières à risque.

  • Titre traduit

    Informing flow of agricultural pests related to trade transports: validation of high-throughput molecular tools for Bactrocera dorsalis tracking (BACTRACK)


  • Résumé

    The oriental fruit fly, Bactrocera dorsalis, native to India, Southeast Asia and subtropical China, recently became as a major pest in arboriculture and gardening in sub-Saharan Africa, and Indian Ocean. The species is regulated in many countries and in EU, where it is frequently intercepted at entry points. Recently, it has also been captured outside the entry point areas, as part of the European surveillance plan (e.g. Austria, France, Italy). We are currently powerless to trace the geographical origin of these interceptions and therefore to inform and guide control strategies. Moreover, the seasonal recolonisation process of orchards in already invaded areas, in particular the role of passive dispersion, remains to this day largely unknown. SNP markers massively generated by high-throughput sequencing coupled with innovative inference methods give new hope for filling these gaps. The objective to this project is to develop and validate common tools to indentify (1) the geographical origin of quarantine flies captured by services in charge of European phytosanitary inspection and (2) the mango trade routes that can have a role in seasonal recolonisation of Senegalese orchards at the beginning of production season. In addition, we will propose a molecular diagnostic kit for the rapid identification of areas to be monitored regarding phytosanitary controls as well as methodological recommendations for other invasive insect species. The results will allow a better orientation of the control effort on the sectors and borders at risk.