Origine des plasmides et coévolution des pathogènes porteurs dans une espèce bactérienne modèle, Bacillus anthracis : apport de la métagénomique
Auteur / Autrice : | Mehdi Abdelli |
Direction : | Jacques Oberto |
Type : | Projet de thèse |
Discipline(s) : | Évolution |
Date : | Inscription en doctorat le 01/11/2020 |
Etablissement(s) : | université Paris-Saclay |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule |
référent : Faculté des sciences d'Orsay |
Mots clés
Résumé
La virulence de la bactérie hautement pathogène Bacillus anthracis est portée en large part par des plasmides. Le génome de cette bactérie résulte en effet d'un assemblage chromosome-plasmide perpétué par l'existence de conditions favorables au maintien de la bactérie pathogène dans un écosystème. Les éléments de connaissance actuels ne permettent pas d'établir le lieu d'origine de cet assemblage. D'où viennent ces plasmides ? Où sont les niches écologiques ? L'existence de plasmides similaires au sein d'espèces bactériennes voisines (Bacillus thuringiensis, Bacillus cereus) est une indication encourageante à la reconstitution de telles chronologies encore très incomplètes. Dans l'hypothèse où les conditions écologiques de tels assemblages n'auraient pas disparu de notre biosphère, nous projetons de rechercher l'information manquante en exploitant de manière originale l'énorme masse des données de métagénomique environnementale issues des technologies de séquençage massif.