Génétique du paysage pour l'évaluation de la connectivité du paysage, des populations et des communautés d'oiseaux dans la région Caraïbes.

Landscape genetics for assessing the connectivity of landscape, populations and communities of birds in the Caribbean region.

• Auteur / Autrice : Alexandrine Daniel
• Direction : Bruno Faivre, Aurélie Khimoun
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie des populations et écologie
• Date : Inscription en doctorat le 01/10/2020
• Etablissement(s) : Bourgogne Franche-Comté
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Biogéosciences (Dijon)

Mots clés

Mots clés libres

Flux de gènes

Fragmentation de l'habitat

Oiseaux

Structure génétique des populations

Gene flow

Habitat fragmentation

Birds

Population genetic structure

Résumé

La fragmentation des habitats est une des principales menaces pesant sur la biodiversité, puisqu'elle est responsable du déclin de plusieurs populations et espèces. Malgré une abondante littérature concernant l'impact de la fragmentation sur l'abondance et la diversité des espèces, les conséquences de ce changement global en termes de processus écologiques et évolutifs restent relativement méconnues. Ce projet a donc pour but d'appréhender l'effet de la connectivité paysagère sur la connectivité fonctionnelle (i.e. la dispersion effective des organismes) des populations de plusieurs espèces d'oiseaux occupant un gradient de spécialisation à l'habitat forestier. Il s'agira d'une part de comparer la réponse de plusieurs espèces au même paysage, et d'autre part de comparer la réponse de la même espèce dans plusieurs territoires comparables, mais sur des territoires (îles) différents. Par ailleurs, le projet de thèse a pour objectif de tester certains développements méthodologiques reposant sur la théorie des graphes. Ce projet s'appuie sur une importante collection d'échantillons et de données déjà acquis, et sur un projet en cours (CANON) qui permettra de soutenir (échantillonnage complémentaire, analyse de laboratoire) le travail du doctorant. Les résultats attendus auront une portée à la fois fondamentale (meilleure compréhension de la relation entre structure du paysage et dispersion chez des organismes a priori mobiles tels que les oiseaux) et appliquée (en termes d'aménagement du territoire (SRCE, Trame Verte et Bleue).

Habitat fragmentation is one of the major threats to biodiversity, as it is responsible for the decline of several populations and species. Despite an extensive literature about the impact of fragmentation on species abundance and diversity, consequences of such a global change on ecological and evolutionary processes remain overlooked. This project aims at understanding the effects of landscape connectivity on functional connectivity (i.e. effective dispersal of organisms) of populations of several bird species occurring along a gradient of forest specialization. The objectives will be i) to compare the response of several bird species within the same landscape and ii) to compare the response of the same species across islands. In addition, this project aims at testing several methodological developments based on graph theory. This project relies on a large collection of samples and data that are already available and on an ongoing project (CANON) that will support (e.g. complementary sampling, laboratory analyses) the PhD student work. Expected results cover both a fundamental scope (better understanding of relationships between landscape structure and dispersal in a priori mobile organisms such as birds) and an applied scope in terms of land use planning (e.g. SRCE, Trame Verte et Bleue).