Thèse en cours

Méthodes d'apprentissage profond basées sur l'incertitude pour une segmentation et une analyse robustes et fiables de l'IRM cardiaque

FR  |  
EN
Auteur / Autrice : Tewodros weldebirhan Arega
Direction : Fabrice MériaudeauStéphanie Bricq
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Instrumentation et informatique de l'image
Date : Inscription en doctorat le 01/10/2020
Etablissement(s) : Bourgogne Franche-Comté
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences pour l'ingénieur et microtechniques (Besançon ; 1991-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : ImViA - Laboratoire d'Imagerie et Vision Artificielle

Résumé

FR  |  
EN

Les méthodes de segmentation basées sur l'apprentissage profond se sont révélées prometteuses pour automatiser la segmentation des images IRM cardiaques, mais elles sont toujours confrontées à des défis pour segmenter de manière robuste des régions petites et ambiguës aux formes irrégulières comme les cicatrices myocardiques. De plus, ces modèles sont confrontés aux changements de domaine et aux échantillons hors distribution (OOD), ce qui les rend peu fiables et limite leur utilisation dans la pratique clinique. L'objectif principal de cette thèse est d'améliorer la robustesse et la fiabilité des modèles d'apprentissage profond pour la segmentation et l'analyse d'IRM cardiaque en exploitant les estimations d'incertitude. Pour améliorer la segmentation des cicatrices myocardiques, un modèle de segmentation est proposé qui intègre les informations d'incertitude dans le processus d'apprentissage. L'estimation de l'incertitude est obtenue en utilisant des réseaux neuronaux bayésiens basés sur une méthode Monté Carlo Drop out pendant la formation, qui sont ensuite incorporés dans la fonction de perte. Cette approche permet d'améliorer la précision de la segmentation et l'étalonnage des probabilités, obtenant ainsi des performances de l'état de l'art sur des ensembles de données accessibles au public axés sur la segmentation des cicatrices à partir de l'IRM avec rehaussement tardif au gadolinium (LGE). La méthode démontre des performances supérieures, en particulier pour les images visuellement difficiles avec une incertitude épistémique plus élevée. Pour améliorer la fiabilité des modèles de segmentation, un cadre de contrôle qualité (CQ) basé sur l'incertitude est introduit pour identifier les segmentations ayant échoué avant une analyse plus approfondie. Le cadre CQ utilise un U-Net basé sur un Transformer bayésien Swin pour la segmentation des images cartographiques T1 et utilise des caractéristiques d'incertitude au niveau de l'image pour détecter les images mal segmentées. Les résultats expérimentaux sur des ensembles de données privés et publics démontrent que la méthode de CQ proposée surpasse considérablement les autres méthodes de CQ de l'état de l'art basées sur l'incertitude, en particulier dans des scénarios difficiles. Après avoir rejeté les segmentations inexactes, la cartographie T1 et les valeurs du volume extracellulaire (ECV) sont automatiquement calculées, permettant une caractérisation fiable des tissus myocardiques dans les cas sains et pathologiques. De plus, une méthode de détection OOD post-hoc est proposée pour identifier et rejeter les images aberrantes. Cette méthode utilise les fonctionnalités d'encodeur du modèle de segmentation et les métriques de similarité pour améliorer la fiabilité des modèles de segmentation. Les résultats expérimentaux démontrent que la méthode proposée surpasse les méthodes de détection OOD de l'état de l'art basées sur l'espace des caractéristiques et l'incertitude dans les différents ensembles de données OOD. Cela garantit davantage les performances en rejetant les valeurs aberrantes inappropriées.