Recours aux données massives en santé pour la surveillance des infections par le VIH : développement et validation d'outils épidémiologiques automatisés.

Use of Big Data in healthcare for HIV infection surveillance: development and validation of automated epidemiological tools.

• Auteur / Autrice : Marc-Florent Tassi
• Direction : Leslie Guillon
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Sciences de la Vie et de la Santé
• Date : Inscription en doctorat le 01/11/2020
• Etablissement(s) : Tours
• Ecole(s) doctorale(s) : Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Morphogénèse et antigénicité du VIH et des virus des hépatites et émergents. Tours

Mots clés

Mots clés libres

Vih

Snds

Surveillance épidémiologique

Données massives

Santé publique

Validation d'algorithme

Hiv

French medico-administrative data

Epidemiological surveillance

Big Data

Public health

Algorithms validation

Résumé

Par leur capacité à induire des formes chroniques longtemps silencieuses, les infections par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) et les virus des hépatites B et C sont à l'origine de nombreuses morbidités si elles ne sont pas diagnostiquées et prises en charge précocement. Malgré les efforts de prévention et de dépistage mis en œuvre, les incidences de ces infections ne connaissent toujours pas de recul majeur, notamment chez les populations les plus à risque. Pour ces raisons, la veille épidémiologique constitue un élément déterminant dans l'élaboration et l'évaluation des politiques de santé publique relatives à ces infections. De nos jours, la surveillance de ces infections est majoritairement réalisée à partir des données issues de la déclaration obligatoire (DO), de sondages auprès des laboratoires de biologie médicale, voire d'enquêtes directes auprès de la population. L'ensemble de ces méthodes souffrent des limites liées à leur défaut d'exhaustivité, leur cout et à la charge de moyens humains qu'elles nécessitent. Avec le Système National des Données de Santé (SNDS), la France dispose d'une base de données médico-administrative couvrant l'ensemble des assurés sociaux et dont l'utilisation est ouverte au champ de la recherche en santé publique. Dans le contexte des infections par le VIH et les virus des hépatites B et C, l'appariement des données du SNDS à des données cliniques et biologiques issues de l'activité hospitalière permettrait de valider des algorithmes d'identification de ces maladies qui seraient ensuite directement utilisables en routine dans le cadre de la veille sanitaire. La conduite de ce projet de recherche en envisagée en trois temps. Lors d'une première phase, l'exploitation des bases du Réseau interrégional des Centres de Données Cliniques (RiCDC) aura comme objectif la structuration d'une banque de données cliniques et biologiques relative aux infections par le VIH et les virus des hépatites B et C et son appariement aux données du SNDS. La seconde étape du projet visera à développer et valider des algorithmes de repérage robustes de ces pathologies au sein des bases médico-administratives du SNDS en s'appuyant sur les données cliniques et biologiques appariées. Le troisième temps de ce projet sera consacré à l'étude épidémiologique des trois infections et permettra de décrire leurs caractéristiques à l'échelle populationnelle ainsi que les parcours de soin des sujets malades et leur devenir en termes de morbi-mortalité.

Through their ability to induce chronic forms remaining silent for a long time, human immunodeficiency virus (HIV) infection, hepatitis B and C viruses are responsible for many conditions when not diagnosed and treated early. Despite the efforts made in prevention and screening, the incidences of these infections are still not significantly decreasing in France, in particular among the most at-risk populations. For these reasons, epidemiological monitoring is a key element in the implmentation and evaluation of public health policies related to these infections. Nowadays, surveillance of these infections is mainly achieved using data from mandatory reporting, surveys of biomedical laboratories, or direct population investigations. All these approaches suffer limitations related to their lack of exhaustiveness, their cost and the human resources they require. Through the Système National des Données de Santé (SNDS), France has an exhaustive medico-administrative database which covers all insured individuals and whose utilization is opened to the field of public health research. Hence, the matching of the SNDS data with the clinical and biological data obtained from hospital activity would allow the validation of algorithms to identify the new cases of HIV and hepatitis B and C viruses, giving the direct opportunity of health monitoring in routine. This research project is could be performed in three stages. Firstly, the exploitation of the databases of the interregional network of Clinical Data Centers (RiCDC) will aim to build the clinical and biological data bases related to HIV and hepatitis B and C infected patients and its matching with the data of the SNDS. Secondly, the project will aim to perform the development and validation of robust algorithms used to identify these infections within the SNDS medico-administrative databases, based on the related clinical and biological data as a gold standard. Thirdly, the project will allow carrying out an epidemiological observational study of the three infections and will allow the description of their characteristics on a population scale as well as the care pathways of affected individuals and their evolution in terms of morbidity and mortality.