Ecologie et rôle fonctionnel des bactéries du “Candidate Phyla Radiation” dans des petits écosystèmes d'eau douce

par Feriel Bouderka

Projet de thèse en Écologie

Sous la direction de Ludwig Jardillier.

Thèses en préparation à université Paris-Saclay , dans le cadre de École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants , en partenariat avec Écologie, Systématique et Évolution (laboratoire) et de Faculté des sciences d'Orsay (référent) depuis le 01-10-2020 .


  • Résumé

    Les microorganismes jouent des rôles importants dans le fonctionnement des écosystèmes, notamment des petits écosystèmes aquatiques. Ces environnements sont largement distribués, numériquement très importants et contribuent significativement au cycle du carbone. Les associations biotiques, qui seraient dominées par les interactions symbiotiques, contrôleraient fortement la composition des communautés microbiennes et, ainsi ses fonctions et activités. Les bactéries du “Candidate Phyla Radiation” (CPR) sont très diverses, ont été détectées dans une large gamme d'habitats terrestres et aquatiques et sont supposées avoir un mode de vie symbiotique même si elles restent globalement très peu caractérisées. Ce projet a pour but d'élucider les interactions biotiques impliquant des cellules de CPR, en identifiant les potentiels symbiontes, les processus moléculaires à la base de cette association et les fonctions des symbiontes. L'étude sera conduite dans de petits écosystèmes d'eau douce où nous avons déjà détecté des CPR en grandes diversité et proportions au moyen d'une approche de métabarcoding.

  • Titre traduit

    Ecology and functional role of the bacterial candidate phyla radiation in small freshwater ecosystems


  • Résumé

    Microorganisms play key roles in ecosystem functioning, including small freshwater ecosystems. These environments are widespread and numerically very important and contribute significantly to the carbon cycle. Biotic associations, which seem to be dominated by symbiotic interactions, likely shape strongly the microbial community composition and thus its functions and activities. The Candidate Phyla Radiation (CPR) bacteria are highly diverse, have been detected in a wide range of terrestrial and aquatic habitats and are hypothesised to have symbiotic life style, even if they remain poorly characterised. This project aims at elucidating biotic interactions involving CPR cells, by identifying the potential symbionts, the molecular processes at the base of the associations and the functions of the symbionts. The study will be realised in small freshwater systems where we have already detected CPR in high diversity and proportions using a metabarcoding approach.