Thèse en cours

Résilience des communautés de cyathostomes et du microbiote digestif du cheval au traitement anthelminthique
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Triangle exclamation pleinLa soutenance a eu lieu le 14/12/2022. Le document qui a justifié du diplôme est en cours de traitement par l'établissement de soutenance.
Auteur / Autrice : Michel Boisseau
Direction : Guillaume Sallé
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Sciences de la Vie et de la Santé
Date : Inscription en doctorat le
Soutenance le 14/12/2022
Etablissement(s) : Tours
Ecole(s) doctorale(s) : Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : ISP - Infectiologie et Santé publique
Jury : Examinateurs / Examinatrices : Gilles Bourgoin, Annabelle Meynadier, Jacques Guillot, Núria Mach, Cedric Neveu, Jordi Estelle
Rapporteurs / Rapporteuses : Annabelle Meynadier, Jacques Guillot

Mots clés

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Résumé

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Les chevaux au pâturage sont infestés par des strongles gastro- intestinaux, classés en grands strongles et petits strongles (cyathostomes). Le grand strongle S. vulgaris est reconnue comme l'espèce la plus pathogène et une cause fréquente de coliques, mais a largement disparu des élevages. En revanche, les cyathostomes peuvent toucher jusqu'à 100% des chevaux. Ils sont responsables de retard de croissance, de perte de poids, mais aussi d'un syndrome de cyathostomose larvaire dû à l'émergence en masse de stades larvaires enkystés dans la muqueuse intestinale où ils séjournent durant leur cycle de développement. Ce syndrome peut causer la mort des jeunes chevaux dans 30% des cas au moins. Le contrôle de ces parasites est indispensable pour le bien-être des animaux. Malheureusement, de plus en plus d'isolats résistants aux vermifuges dont le pyrantel, sont identifiés à l'échelle mondiale. Une enquête réalisée en France a démontré l'inefficacité généralisée du fenbendazole, une efficacité préservée pour l'ivermectine et un pyrantel en limite d'efficacité avec une valeur avoisinant les 90%. Face à cela, il apparait essentiel de trouver de nouveau moyen de luttes pour éviter la perte d'efficacité des anthelminthiques. Les cyathostomes adultes vivent dans les intestins et partagent leur niche avec les micro-organismes du microbiote dont les bactéries. Etudier les interactions entre les bactéries, les parasites et l'hôte et les comprendre, pourrait être une bonne piste pour lutter contre les parasites, puisque les interactions entre la communauté de cyathostomes et les micro-organismes du microbiote sont très mal comprises. Dans un premier temps, deux méta-analyses ont permis d'étudier les facteurs affectant les populations de strongles. Nous avons trouvé des communautés impactées par la technique et la taille d'échantillonnage et identifié un remodelage des communautés associée aux classes d'âge. Dans un second temps, nous avons réalisé une étude comparative de deux nouvelles amorces visant COX-1 et ITS-2 pour identifier les communautés parasitaires issues de mock communities. La meilleure identification a été faite par ITS-2. Nous avons aussi identifié qu'il n'existait pas de différences entre les communautés issues des œufs, des larves infestantes et des adultes cyathostomes et avons fortement conseillé l'utilisation des larves infestantes pour les futures études. Enfin, nous avons réalisé un suivi longitudinal de 40 poneys infectés naturellement et maintenus dans des installations contrôlées pendant un essai de 42 jours. Un échantillonnage de sang et matière fécale a été effectué sur treize point de temps afin d'étudier la résilience écologique des deux communautés suite à un traitement au pyrantel. Les chevaux parasités ont présenté des modifications de l'environnement intestinal. Pourtant, l'écosystème intestinal était stable, et la réponse de l'hôte a défini un enrichissement pour l'activation des cellules B et la production d' IgA sans changements correspondants dans les charges parasitaires. La protection microbienne de Clostridia aurait réduit la dynamique entre la triade microbiote-parasite-hôte et favorisé la tolérance au parasite. La stabilité du système a été perturbée par le traitement au pyrantel et l'élimination des parasites, avec des conséquences sur l'environnement intestinal, sa diversité et les réseaux de cytokines. Les deux communautés ont été très résistantes à la perturbation et ont retrouvé leur composition d'avant le traitement, à l'exception de Cylicostephanus longibursatus. Cependant, les microbiotes intestinaux n'ont pas réussi à restaurer leur stabilité d'origine et ont évolué vers un état instable d'interaction, avec une coexistence transitoire entre Clostridia et des taxons bactériens centraux, évoquant leur rôle crucial en tant que forces stabilisatrices pour ce nouvel équilibre. Nos résultats soulignent que le traitement anthelminthique perturbe la stabilité du microbiote intestinal et du némabiome. Il serait possible de contrer ce phénomène en contrôlant le régime alimentaire afin de favoriser la présence de genres bactériens spécifiques. Cela soulève la question controversée de savoir s'il est bénéfique d'éradiquer tous les parasites chez nos chevaux. Nous pensons que l'administration massive de médicaments pourrait être évitée en ciblant les individus présentant une morbidité liée à l'infection. Les impacts à long terme de doses plus élevées d'anthelminthiques devraient être pris en compte dans les études futures. Ce projet de thèse a été le premier à étudier les interactions entre le némabiome, le microbiote et l'hôte.