Mieux comprendre les populations de tortues vertes, Chelonia mydas, en Polynésie française par des approches génétiques.

Better understanding the green turtle, Chelonia mydas, populations in French Polynesia with genetic approaches.

• Auteur / Autrice : Violaine Dolfo
• Direction : Serge Planes
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie des populations, génétique et éco-éthologie
• Date : Soutenance le 16/06/2023
• Etablissement(s) : Université Paris sciences et lettres
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale de l'École pratique des hautes études (Paris)
• Partenaire(s) de recherche : Établissement de préparation de la thèse : École pratique des hautes études (Paris ; 1868-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre de recherches insulaires et observatoire de l’environnement (Moorea, Polynésie française ; Perpignan)
• Jury : Président / Présidente : Claude Miaud
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Serge Planes, Claude Miaud, Marc Girondot, Cécile Fauvelot, Emilie Boissin, Pablo Saenz-Agudelo
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Marc Girondot, Cécile Fauvelot

Mots clés

Mots clés contrôlés

Variabilité génétique

Reproduction (biologie)

Génétique des populations

Polynésie française

Tortue verte

Mots clés libres

Chelonia mydas

Dynamiques de reproduction

Structure des populations

Conservation

Chelonia mydas

French Polynesia

Population genetics

Reproduction

Population structure

Conservation

Résumé

La tortue verte (Chelonia mydas) est une espèce migratrice menacée dont les femelles pondent sur leur plage de naissance. Ce comportement de natal homing conduit à l'émergence de populations génétiquement différenciées. La Polynésie française est une zone de ponte et de forte diversité génétique pour cette espèce, et se situe au centre de sa répartition dans l'océan Pacifique, mais aucune étude n'a dressé l'état des lieux des populations sur ce territoire jusqu'à présent. Cette thèse caractérise les populations de tortue verte en Polynésie française par des approches génétiques complémentaires utilisant des marqueurs ADN mitochondriaux et nucléaires sur plus de 1500 individus échantillonnés entre 2008 et 2021.Dans un premier temps, ce travail se focalise sur l'étude de la structure génétique des populations en Polynésie française et sur leur connectivité avec les autres populations du Pacifique. Deux populations distinctes avec une faible différenciation génétique ont été identifiées sur le territoire avec le marqueur mitochondrial utilisé, correspondant à des zones de ponte situées dans les parties Est et Ouest de l'archipel de la Société. Avec ce même marqueur, une isolation génétique par rapport aux autres populations du Pacifique a été mise en lumière, ainsi que l'origine locale des juvéniles présents sur le territoire. Dans un deuxième temps, une structure génétique plus complexe, composée de trois populations et sans lien avec une organisation spatiale ni avec la structure mitochondriale, a été détectée avec les marqueurs nucléaires microsatellites. Les facteurs conduisant à une telle structure restent à ce jour inexpliqués et plusieurs hypothèses sont discutées. Enfin, les stratégies de reproduction ont été étudiées sur l'île principalement échantillonnée, Tetiaroa. Le génotypage de nombreux individus sur les marqueurs microsatellites couplé à des analyses de parenté, ont permis de mettre en évidence un taux de consanguinité élevé sur cette île, des choix de reproduction non aléatoire, et une certaine plasticité dans les comportements reproducteurs attendus pour l'espèce. Ces éléments permettent une meilleure compréhension du fonctionnement des populations de tortue verte en Polynésie française, et pourront venir en appui aux décisions de gestions mises en place par la Direction de l'Environnement de Polynésie française.

The green sea turtle (Chelonia mydas) is an endangered migratory species whose females nest on their natal beach. This natal homing behavior leads to the emergence of genetically differentiated populations. French Polynesia is a nesting area of high genetic diversity for this species and lies at the center of its distribution in the Pacific Ocean. However, a significant knowledge gap in the structure and connectivity of its populations remains. This thesis characterizes the green turtle populations in French Polynesia with complementary genetic approaches using the amplification of mitochondrial and nuclear DNA markers on more than 1500 individuals sampled between 2008 and 2021.First, this work focuses on studying the genetic structure of green turtle populations in French Polynesia and their connectivity with other populations in the Pacific. Two distinct populations with low genetic differentiation were revealed in the territory with the mitochondrial marker, corresponding to nesting areas located in the eastern and western parts of the Society Archipelago. With this same marker, genetic isolation from other populations in the Pacific was highlighted, as well as the local origin of the juveniles present in the territory. Next, a more complex genetic structure, composed of three populations and unrelated to any spatial organization or mitochondrial structure, was detected with nuclear microsatellite markers. The factors leading to such a structure remain unexplained, and several hypotheses are discussed. Finally, the reproductive strategies were studied on the mainly sampled island, Tetiaroa. Kinship analyses on numerous individuals made it possible to highlight a high inbreeding rate on this island, non-random reproduction choices, and certain plasticity in the reproductive behaviors expected for the species. These elements allow a better understanding of the green turtle populations in French Polynesia. They are valuable in informing management measures implemented by the Direction of the Environment on the territory.