Sélection de l'habitat, structure génétique et alimentation chez les populations d'holothuries tropicales à des fins aquacoles

par Joséphine Pierrat

Projet de thèse en Biologie Marine

Sous la direction de Helene Magalon et de Patrick Frouin.

Thèses en préparation à La Réunion , dans le cadre de École doctorale Sciences, Technologies et Santé , en partenariat avec Ecologie Marine Tropicale des Océans Pacifique et Indien (laboratoire) depuis le 03-12-2018 .


  • Résumé

    Les holothuries tropicales sont une ressource importante à l'échelle mondiale et de nombreuses populations sont menacées par la surpêche. De rares régions restent exemptes de cette pression, telle La Réunion où les populations d'holothuries présentent des densités exceptionnelles (jusqu'à 4 individus par m² contre 1 individu par hectare pour la plupart des espèces). Pourtant, les facteurs permettant de telles densités ne n'ont pas encore été identifiés. L'objectif général de ma thèse est d'identifier et de comprendre les différents facteurs régulant les densités d'holothuries à La Réunion. Cet objectif se décline en plusieurs questions : 1) Quels sont les facteurs environnementaux influençant la structure des populations d'holothuries ? Étude de la nature et la qualité du substrat caractéristiques des zones à fortes et faibles densités, ainsi que de la compétition interspécifique avec les autres déposivores présents dans le récif. 2) Quelles sont les sources d'alimentation des holothuries et leur rôle dans la structuration des populations ? Ciblage des sources alimentaires par métabarcoding de l'ADN environnemental présent dans les sédiments adjacents à l'holothurie, dans le tube digestif et dans les fèces. 3)La structure génétique des populations d'holothuries est-elle liée à ces facteurs alimentaires et/ou à l'habitat ? Identification des lignées clonales et mise en lien avec la nature du substrat et le régime alimentaire. 4) Quelle déclinaison des connaissances acquises peut être opérée pour améliorer la croissance d'individus en milieu contrôlé ? Sélection de variables de l'habitat et de sources alimentaires de type micro-organismes.

  • Titre traduit

    Habitat selection, genetic structure and nutrition in tropical sea cucumber populations for aquaculture purposes


  • Résumé

    Tropical sea cucumbers are an important global resource and many populations are threatened by overfishing. Rare regions remain free of this pressure, such as Reunion Island, where sea cucumber populations have exceptional densities (up to 4 individuals per m² compared to 1 individual per hectare for most species). However, the factors allowing such densities are not identified. The global objective of my thesis is to identify and understand the different factors regulating sea cucumber densities in Reunion Island. This objective is divided into several questions: 1) What are the environmental factors influencing the structure of sea cucumber populations? Study of the nature and quality of the substrate characteristic of high and low density areas, as well as interspecific competition with other depositors in the reef. 2) What are the sources of sea cucumber feeding and their role in structuring populations? Targeting food sources by metabarcoding environmental DNA in sediments next to sea cucumber, digestive tract and feces. 3) Is the genetic structure of sea cucumber populations related to these dietary factors and / or habitat? Identification of clonal lines and comparison with the nature of the substrate and the diet. 4) What variation of acquired knowledge can be made to improve the growth of individuals in a controlled environment? Selection of habitat variables and microorganism food sources.