La symbiose : concept du vivant. Du microbiote à la médecine.
Auteur / Autrice : | Laurence Terzan |
Direction : | Claire Brun |
Type : | Projet de thèse |
Discipline(s) : | Histoire et philosophie des sciences |
Date : | Inscription en doctorat le 31/08/2019 |
Etablissement(s) : | Université Paris sciences et lettres |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale de l'École pratique des hautes études (Paris) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : UR Confluence, Sciences et Humanités |
établissement opérateur d'inscription : École pratique des hautes études (Paris ; 1868-....) |
Mots clés
Mots clés libres
Résumé
Cette thèse se propose d'étudier comment la relation symbiotique trace l'histoire du vivant, son évolution et fonde son fonctionnement. En tout premier lieu, définir le concept de symbiose (9, 13, 14) nous conduira au déroulé de son évolution ainsi qu'à ses différentes acceptions contemporaines selon le champ de son utilisation. Nous nous proposons de partir de données biologiques pour fonder une réflexion philosophique sur le statut de la relation symbiotique. A cet égard, c'est le microbiote qui nous servira de modèle. L'émergence du microbiote dans les sphères biologique, médicale, zoologique, et botanique suit une courbe exponentielle : Si les travaux fondateurs datent du XIXe , ce n'est que dans la seconde moitié du XXe et surtout ces vingt dernières années que ce monde microbiotique, longtemps envisagé indirectement, sans faire l'objet d'un programme de recherche, va se révéler, grâce aux travaux métagénomiques (8). En toute logique, le champ de la philosophie à son tour s'en empare. L'étude du fonctionnement du monde microbiotique et son implication consubstantielle au plus profond des métazoaires renouvellent comme jamais notre vision du vivant. Nous ne limiterons pas notre approche aux bactéries : nous inclurons dans ce travail les champignons (16) et les virus, même si les études les concernant sont beaucoup moins nombreuses. De même, le vivant inclut le monde végétal avec les animaux dont l'homme, bien sûr. Ce travail prendra en considération la symbiose qui constitue l'interaction mutualiste la plus positive. Mais il s'agit pour bien la comprendre de ne pas écarter de notre champ les symbioses recrutées pour aider à parasiter, tuer ou entrer en compétition avec d'autres organismes, ainsi que les interactions cellulaires destructives, pathologiques. Notre travail s'appuiera sur des faits scientifiques assez détaillés pour prouver que nos propositions ne sont pas spéculatives et qu'elles reposent sur des faits concrets scientifiquement éprouvés. Pourtant, à côté de l'aspect « scientifique » de cette thèse, nous laissons une part revendiquée à l'intuition, à la subjectivité du vivant à tous les niveaux : l'organisme, l'espèce, la société globale, mais aussi, dans l'autre sens, jusqu'à la cellule et même la molécule. Dans une première partie, nous décrirons le mode opératoire du microbiote: la relation symbiotique. Son implication se décline dans des champs aussi divers et variés que le métabolisme, l'homéostasie, la croissance, le développement, l'hérédité, l'évolution et la communication. Les bactéries intestinales communiquent entre elles et avec les cellules de l'hôte en utilisant les métabolites du microbiote et une signalisation chimique, ceci afin de réguler plusieurs fonctions cellulaires. La transmission de ces signaux stimule l'expression génétique bactérienne, en particulier pour moduler la virulence (4). Le processus biologique qui permet aux bactéries d'une même espèce de moduler l'expression de ses gènes en fonction de leur densité est le « Quorum Sensing » (3, 18), système mis à l'oeuvre également dans le processus de la résistance aux antibiotiques. Les bactéries sont dès lors porteuses d'une information à point de départ nutritionnelle qui va moduler l'information génétique de l'hôte. Nous nous attacherons à partir des données en notre connaissance, à évaluer comment et pourquoi la relation symbiotique (ou non) nous conduit à reconsidérer certains concepts de la philosophie de la biologie. Notre réflexion s'étendra à reconnaitre à la relation symbiotique un sens ontologique. Nous verrons que cette portée « ontologique » est plus avant une « apportée » ontologique. Nous adoptons pleinement les propos de Françoise Héritier (12): « Je ne suis pas isolément mon statut, mes opinions, mes croyances ou les partitions et les rôles que j'ai exercés ». Ne serions-nous pas tout ce que nous avons intégré au décours de notre existence dans un mécanisme de symbiose émotionnelle, indispensable à l'évolution de l'être humain? N'est-ce pas dans l'ouverture aux vibrations de ceux et ce qui nous entourent, forme de mise en symbiose avec notre environnement, que la vie peut circuler, que le vivant peut s'exprimer? Dans une seconde partie, nous nous interrogerons sur la place du microbiote dans le domaine de la thérapeutique. Pour aborder la question nous proposons une approche expérimentale. Nous espérons pouvoir réaliser une série d'études dont l'objectif est de vérifier un raisonnement hypothético-déductif qui expliquerait le mode d'action du médicament homéopathique. Ce raisonnement se fonde sur 3 constats: - On observe une certaine efficacité du médicament homéopathique. Son efficacité, c'est le retour que nous font les milliers de patients qui se soignent en ayant recours à l'homéopathie, partout dans le monde et plus particulièrement en France comme l'attestent de nombreuses études (Epi 3 (6, 7) sondages, ). Les dilutions homéopathiques interrogent profondément le sens cartésien. Sur l'ensemble des études réalisées, on peut faire les constats suivants : Une grande variabilité de la réponse thérapeutique inter et intra individus. Des difficultés à obtenir des résultats positifs dans tous les types d'études: sur milieu cellulaire, chez l'animal et dans les essais cliniques humains. Des difficultés de reproductibilité des études positives. Nous utiliserons le schéma « normologico-déductif » de Hempel et Oppenheim (11) qui distinguent l'explanandum: énoncé décrivant le phénomène à expliquer et l'explanans: étape suivante qui est «la classe d'énoncés convoquées pour expliquer le phénomène ». L'explanandum serait ici: Quel est le mécanisme d'action thérapeutique des médicaments homéopathiques et la part de la relation symbiotique dans celui-ci? L'explanans serait d'une part l'absence de pharmacocinétique. : on fait fondre les granules dans la bouche et on observe ou pas, un effet thérapeutique à plus ou moins long terme. D'autre part, du fait des doses infinitésimales du principe actif contenu dans le médicament homéopathique, l'action thérapeutique ne peut se situer ailleurs que dans la bouche: la bouche est donc le lieu que nous retenons de l'action du médicament. L'hypothèse que nous faisons dérive de l'idée que l'action thérapeutique passerait nécessairement par la relation symbiotique: le médicament homéopathique interagirait non pas directement avec les cellules de l'organisme mais avec et via les bactéries contenues dans la bouche (ou autres voie d'entrée). Le médicament homéopathique exerce son action thérapeutique au niveau de la bouche en interagissant avec le microbiote buccale qui communique avec notre système nerveux central (5), et notre système immunitaire, ainsi qu'avec le microbiote situé en aval. S'il est mis en évidence que la bactérie reçoit une information du médicament homéopathique, il est probable qu'elle agit comme on sait qu'elle le fait communément, c'est à dire de façon physiologique ou pathologique: elle va donc transmettre une information par les fibres du nerf vague au cerveau ou par voie immunitaire. Puis le cerveau ou le système immunitaire va réguler une réponse adaptée à la douleur, à l'anxiété, ou à d'autres symptômes. Le symptôme du patient est ainsi modulé par une auto réponse de l'organisme. Elle expliquerait pourquoi les études sont trop souvent négatives ou faiblement positives pour les essais pré cliniques sur milieu cellulaire : le médicament homéopathique n'interagit pas directement avec les cellules mais le fait par la médiation du microbiote. Nous proposerons une réflexion sur le design des études réalisées sur milieu cellulaire actuellement par les laboratoires pour tenter de démontrer l'action thérapeutique des médicaments homéopathiques. Ces études sont parfois positives. Pourtant, leur positivité ne présente aucun intérêt car ces résultats ne sont pas extrapolables à l'homme (ou les animaux ou les plantes). Prenons un exemple: Une étude positive sur des cultures de cellules cancéreuses de la prostate prouvent que les dilutions homéopathiques ont une action sur ces cellules. Dans la « vraie vie », il n'arrive jamais que des dilutions homéopathiques soient en contact direct avec des cellules cancéreuses de la prostate. Les médicaments homéopathiques sont pris le plus souvent par la bouche et les dilutions sont à ce point extrême que leurs actions s'exercent in situ. Mon hypothèse repose sur un postulat : Le médicament homéopathique agit sur son lieu d'administration. Ce postulat invalide toutes les études réalisées dans des conditions qui n'en tiennent pas compte, ce qui est le cas des études réalisées sur cultures cellulaires. A partir de ces travaux concernant la thérapeutique homéopathique en particulier, nous élargirons notre approche à la thérapeutique en général. Le microbiome joue un rôle central dans la métabolisation des composés pharmaceutiques, ce qui ouvre le champ d'une vaste domaine de recherche ayant d'importantes implications pour la santé humaine (10). On peut identifier les bactéries qui métabolisent des xénobiotiques afin de comprendre l'efficacité et la toxicité de certains composés. Les xénobiotiques peuvent modifier de façon significative l'expression des gènes. L'étude de leurs interactions avec le microbiome laisse supposer une révision complète de nos méthodes thérapeutiques (21) et le développement de traitements pharmaceutiques personnalisés. Actuellement la thérapeutique se dit « scientifique », c'est à dire fondée sur l'essai clinique randomisé. Pourtant, chercher à comprendre comment nous soignons n'est pas uniquement la chasse gardée de la Science. Cette question interroge ce que nous entendons par guérir. Actuellement, le plus souvent, notre définition du soin est liée à notre conception de la thérapeutique. Est-ce suffisant? L'effet placebo, dans cette perspective est à la fois la pierre fondatrice et d'achoppement de cette conception: En effet, la pharmacodynamie constitue le pilier de la médecine moderne: si le remède est un simulacre, alors le mal l'est aussi. Pourtant, il arrive chez certains patients qu'un placebo présenté comme un analgésique, se trouve être plus efficace qu'une injection d'analgésique(Le microbiote est l'ensemble des micro organismes bactériens, viraux et mycosique.) (2). Pourquoi ne serait-il pas acceptable que les patients sous placebo ressentent effectivement moins de douleur ? Il semble parfois que si l'on guérit via un effet placebo, notre mal soit aussitôt discrédité. Nous analyserons comment l'effet placebo constitue le socle actuel de notre acception de la thérapeutique et nous nous risquerons à conceptualiser une action thérapeutique refondée. Dans une troisième partie et suivant la logique cette nouvelle acception de l'action thérapeutique, nous interrogerons la définition de la médecine, dans le domaine clinique et celui de la santé publique. Nous verrons comment la relation symbiotique entretenue avec la monde microbiotique renouvelle les perspectives en médecine et en santé publique. Cet éclairage nouveau partira du constat d'une médecine selon nous fracturée qui sépare la matière et l'esprit, le corps et l'âme. Ce « dualisme »se déploie sur plusieurs volets de la médecine occidentale: - En clinique allopathique, le patient n'est envisagé que dans sa dimension biologique. D'un côté, la toute-puissance légitimée du paradigme mécaniste dans lequel tout est matière et le réel connaissable par sa réduction en éléments les plus simples : c'est le matérialisme moderne tout-puissant qui rejette hors des limites du rationnel tout ce qui n'est pas matériel. De l'autre, l'idéalisme abstrait, la subjectivité, les croyances. Les deux camps ont en commun le mythe tout-puissant d'un esprit coupé de toute chair, étranger à la matière, qui clamerait l'indépendance de la volonté et de la conscience. La psychanalyse est totalement coupée de la biologie, à de rares exceptions près. - Ce dualisme fonde aussi l'opposition l'holisme versus EBM (Evidence Based Medecine). La psychosomatique tente une médiation, en appréhendant l'homme dans ses différents niveaux mais elle ne s'intègre pas (encore) à nos pratiques. Quant à l'homéopathie, nous verrons comment elle s'inscrit dans l'exact négatif de l'allopathie et comment chacun des protagonistes s'empare de ces champs opposés pour justifier son positionnement et sa pratique. Il nous semble intéressant de questionner cette dialectique conceptuelle, sur ce qu'elle dit de notre société, des individus qui la composent et de leurs « maladies ». Nous étudierons la position de « l'état pathologique » dans ce schéma et alimenterons dans ce travail les propos de Karl Jaspers qui écrivait que « la médecine moderne est un symptôme de la maladie de notre civilisation » (19). Nous verrons comment la relation symbiotique peut être considérée comme le mode opératoire d'une médiation entre les termes, illustrant une nouvelle fois que le vivant est forcément combinatoire, réseau (1) et communication. Puis dans une quatrième partie, nous allons tenter de thématiser le passage, crucial entre le domaine biologique et le domaine social ; En posant un postulat évolutionniste de continuité entre le naturel et le social-historique, nous chercherons à comprendre les enjeux sociaux et politiques de notre dé-connexion/re-connexion au biologique. L'homme est biologiquement calé dans la logique évolutive du vivant. Ce qu'il produit, dans le domaine de l'organisation des vies, des sociétés, des théories politiques en général, ne peut se légitimer que par un enracinement dans une certaine conception de la vie, du vivant et de l'évolution. Dans le domaine de la vie, l'enfant commence en général sa vie en symbiose avec son environnement proche, ses parents, son lieu de vie. Cet environnement est constitutif de son moi: nous rapprocherons le lien entre son moi « poreux » et son environnement proche à un lien de nature symbiotique. Dans son livre « Il faut s'adapter, Sur un nouvel impératif politique », Barbara Spiegler(20) analyse comment le néolibéralisme, pensée politique structurée dans les années 1930 (Walter Lippmann, journaliste et essayiste américain dévoilera sa théorie politique au cours du colloque de 1938) s'articule à partir de la théorie de l'évolution des espèces. Au-delà de cette analyse du néolibéralisme, Barbara Spiegler nous montre comment l'articulation de l'organisation de nos sociétés avec la biologie constitue l'élément causal et le principe explicatif de nos sociétés. Nous intégrerons aussi dans ce travail les travaux d'Hartmut Rosa (15), représentant de la nouvelle Théorie Critique issue de ce qu'on appelle « l'Ecole de Francfort ». Il propose de relire l'histoire moderne à l'aune du concept d'accélération sociale. Ce concept intègre trois dimensions : l'innovation technique, le changement social, et le « rythme de vie » (notion reprise à Simmel (17)). Pourtant, ce qui n'est pas pris en considération par ces philosophes, c'est le modus operandi de l'évolution, à savoir la relation symbiotique avec un monde microbiotique qui nous lie définitivement à un environnement qu'il s'agit désormais de considérer, dans l'intérêt même de notre survie. Ce mode opératoire nous oblige, davantage et plus profondément que le darwinisme à refonder le vivant et son évolution. Au prisme du concept symbiotique, nous tenterons une relecture de la modernité, nous questionnerons le « comment faire société », en identifiant tout le potentiel de cette nouvelle donne, dont l'enjeu majeur est la réadaptation de l'espèce humaine à son nouvel environnement, complexe et changeant, entre flux et stase. Bibliographie 1- Baptiste E, Tous entrelacés! Des gènes aux super-organismes: les réseaux de l'évolution. Belin. mars 2018 2- Benedetti F, et al., Open versus hidden medical treatments: the patient's knowledge about a therapy affects the therapy outcome. , Prevention & Treatment, Volume 6 article 1, 2003. 3- Bottomley MJ, Muraglia E, Bazzo R, Carfi A, Molecular insights into quorum sensing in the human pathogen Pseudomonas aeruginosa from the structure of the virulence regulator LasR bound to its autoinducer. J Biol Chem. 2007 May 4; 282(18) p. 13592-600. Epub 2007 Mar 2015 4- Bruna C, Lustri, Vanessa Sperandio, Cristiano G. Moreira; Bacterial Chat: Intestinal Metabolites and Signals in Host-Microbiota-Pathogen Interactions . Infect Immun 85:e00476-17. Sept 2017 5- Caspani G, Swann J, Small talk: microbial metabolites involved in the signaling from microbiota to brain; Current Opinion in Pharmacology, October 2019, p. 99-106 6- Danno K, Cognet-Dementhon B, Thevenard G, Duru G, Allaert FA, Bordet MF. Effectiveness of homeopathic medicine associated with allopathic medicine in the outpatient management of influenza-like illnesses or ear, nose, and throat disorders by pharmacists.J Manag Care Pharm. 2013 Oct;19(8) p.631-41 7- Danno K, Joubert C, Duru G, Vetel JM.Physician practicing preferences for conventional or homeopathic medicines in elderly subjects with musculoskeletal disorders in the EPI3-MSD cohort. Clin Epidemiol. 2014 Sep 26;6 p.333-41 8- Doré J, Ehrlich SD, MetaHIT Consortium, An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome. MetaHIT Consortium. Nat Biotechnol. 2014 Aug;32(8) p.834-41. doi: 10.1038/nbt.2942. Epub 2014 Jul 6 9- Frank AB; Über die biologischen Verhältnisse des Thallus einiger Krustenflechten, Beiträge zur Biologie der Pflanzen, II, 1877, p. 123-200 10- Haiser HJ, Turnbaugh PJ. Is it time for a metagenomic basis of therapeutics? Science 2012 ; 336 : 12531255 11-Hempel Carl G, Oppenheim P. , Studies in the Logic of explanation, Philosophy of Science, XV 1948, 137 12-Héritier F, La révolution est en marche, Irréversiblement. Tous debout! Denis Lafay La tribune; RH Editions-2014 13-Mahler M, Psychose infantile : symbiose humaine et individuation, Paris, Payot & Rivages, coll. « Petite Bibliothèque Payot », 2001,1re éd. 1973 14-Perru O, Qu'est-ce que la symbiose ?, Revue des questions scientifiques, 1997, 168(2), p. 113-136. 15-Rosa H, Accélération. Une critique sociale du temps, Paris, La Découverte, coll. « Sciences humaines et sociales », 2013, p. 486 16-Selosse MA; Jamais seul Ces microbes qui construisent les plantes, les animaux et le civilisations; Actes Sud, juin 2017 17-Simmel G, Les grandes villes et la vie de l'esprit. Suivi de 'Sociologie des sens', Paris, Payot, coll. « Petite Bibliothèque Payot », 2013, p.107 18-Slamti L, Perchat S, Huillet E, Lereclus D Toxins (Basel). Quorum sensing in Bacillus thuringiensis is required for completion of a full infectious cycle in the insect. 2014 Jul 31;6(8) p. 2239-55 19- de Souza A, Médecine et Santé: au delà du conformisme une nouvelle alliance, 1997 20-Spiegler B, « Il faut s'adapter » Sur un nouvel impératif politique; Gallimard; janv 2019 21-Vétizou M, Daillère R, Zitvogel L, The role of intestinal microbiota in the response to anti-tumor therapies Le microbiote : cet inconnu qui réside en nous; Med Sci (Paris) Volume 32, Number 11, Novembre 2016 p. 974 - 982