Amélioration de la prise en charge diagnostique des infections fongiques systémiques

Improving the diagnostic management of invasive fungal diseases

• Auteur / Autrice : Estelle Menu
• Direction : Stéphane Ranque, Coralie L'Ollivier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie santé. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 25/11/2022
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : École Doctorale Sciences de la vie et de la santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Vitrome (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Jean-Philippe Bouchara
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Ann Packeu
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Marie-Elisabeth Bougnoux, Boualem Sendid

Mots clés

Mots clés contrôlés

Trichosporon

Candida

Infections fongiques invasives

Champignons

Levures

Mots clés libres

Levures

Champignons filamenteux

Infections fongiques systémiques

Candida

Trichosporon

Saprochaete

Yeast

Invasive fungal infection

Candida

Trichosporon

Saprochaete

Moulds

Résumé

Les infections fongiques systémiques (IFS) sont un problème de santé publique car elles concernent des patients à risque en constante augmentation et leur incidence a augmenté ces dernières années. La performance du diagnostic biologique des IFS reste insuffisante et leur létalité à 3 mois est d’environ 40% en France. Le diagnostic précoce est un axe majeur de progrès, dans le but d’améliorer la prise en charge des patients et réduire la létalité.Dans la première partie, nous avons réalisé un catalogue des champignons filamenteux isolés chez l’Homme, répertoriant 565 espèces de champignons filamenteux d’intérêt clinique. Les sites anatomiques et le cadre nosologique de ces infections ont été décrits.La seconde partie de notre travail visait à optimiser le diagnostic des levuroses invasives. Nous avons d’abord sélectionné les techniques les plus performantes pour extraire l’ADN des cinq principales espèces de Candida d’intérêt clinque. Nous en avons retenu trois techniques d’extraction d’ADN, parmi 11 techniques évaluées, dont la performance était adéquate. Ensuite, nous avons cherché à améliorer la détection des Candida à partir d’échantillon liquide par une méthode de capture en solution au moyen de billes magnétiques couplées à des anticorps spécifiques. Enfin, nous nous sommes intéressés au diagnostic des IFS à levures rares, les trichosporonoses, pour lesquelles les outils diagnostiques spécifiques sont inexistants.La dernière partie s’intéresse à l’identification des sources potentielles des infections fongiques invasives à travers l’investigation d’une épidémie d’infection à Saprochaete clavata dans un centre de cancérologie.

Invasive fungal infections (IFI) are a public-health issue because they concern patients at risk, which is constantly increasing and their incidence has risen in recent years. The performance of biological diagnosis of IFI remains insufficient and the overall 3-month IFIs fatality rate is about 40% in France. Early diagnosis is a major improvement target that would allow enhance the patients’ management and curb this fatality risk. In the first part, we made a catalog of filamentous fungi isolated in humans, listing 565 species of filamentous fungi of clinical interest. The anatomical sites and the nosological entities associated with these fungi were described.The second part of our work aimed at optimizing the diagnosis of invasive fungal yeast infections. We first selected the most efficient techniques to extract DNA from the five main Candida species of clinical interest. We selected three DNA extraction techniques, among 11 techniques evaluated, which exhibited adequate performance. Next, we aimed to improve the detection of Candida from liquid suspensions by a solution capture using magnetic beads coupled to specific antibodies. Finally, we are interested in the diagnosis of rare invasive yeast infections, trichosporonosis, for which specific diagnostic tools are inexistent.The last part focuses on identifying potential sources of invasive fungal infections through the investigation of an outbreak of Saprochaete clavata infection in a cancer center.