Sommes-nous en train de rater des infections virales respiratoires chez les enfants ?

Are we missing respiratory viral infections in children?

• Auteur / Autrice : Maren Alchikh
• Direction : Barbara Rath, Michael Valdy
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Médecine, microbiologie et maladies transmissibles
• Date : Inscription en doctorat le ; Soutenance le 12/12/2023
• Etablissement(s) : Bourgogne Franche-Comté
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Chrono-Environnement
• Jury : Président / Présidente : Dominique Vuitton
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Barbara Rath, Michael Vajdy, Ruth Kutalek, Annemarie Berger, Frederic Bouder
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Annemarie Berger, Frederic Bouder

Mots clés

Mots clés libres

Respiratoires

Enfants

Virale

Respiratory

Children

Viral

Résumé

Résumé : Les infections virales respiratoires (IVR) sont l'une des principales causes de consultations médicales et d'hospitalisations chez les enfants. Les symptômes vont de légers à graves et peuvent inclure des symptômes respiratoires et non-respiratoires. Une diagnose et une prise en charge rapides et précises des IVR sont importantes pour le patient, ainsi que pour la lutte contre les infections et la surveillance de la santé publique. La surveillance hospitalière de l'IVR aiguë repose généralement sur les rapports de laboratoire et/ou les codes de la Classification internationale des maladies (CIM) attribués aux patients. Aucune de ces deux méthodes n'est exempte de biais liés à l'observation, car elles reposent toutes les deux sur la décision du prestataire de soins de santé de prélever un échantillon et de prescrire un test diagnostique. Cette décision doit être fondée sur le risque individuel du patient et la gravité de la maladie, mais d'autres facteurs (déterminants sociaux de la santé) peuvent également jouer un rôle. La décision clinique d'effectuer des tests de diagnostic déterminera si des IAV spécifiques sont reconnues et signalées comme telles, mais elle déclenchera également les étapes suivantes de la gestion du cas clinique, qui peuvent être associées à des coûts considérables, en particulier chez les patients hospitalisés. Jusqu'à présent, les analyses économiques de la prise en charge hospitalière des types d'IVR les plus courants (surtout en comparant les uns avec les autres) font défaut. Cette thèse vise à combler cette lacune, en tirant parti d'une cohorte unique résultant d'un programme d'amélioration de la qualité (AQ) de 6 ans basé dans l'un des plus grands hôpitaux universitaires d'Europe, en collaboration avec le Centre national de référence pour la grippe de l'Institut Robert Koch. De 2009 à 2015, un total de 6073 patients âgés de 0 à 18 ans et répondant à des critères prédéfinis ont fait l'objet d'une surveillance prospective détaillée de la virologie et des résultats cliniques. Une évaluation clinique standardisée a permis à l'équipe AQ d'enregistrer la gravité de la maladie et les facteurs de risque à l'aide de l'application VIVI ScoreApp. Au Centre national de référence pour la grippe, des tests PCR en temps réel pour les 8 virus respiratoires les plus courants (virus de la grippe A et B, virus respiratoire syncytial, adénovirus humain, rhinovirus humain, métapneumovirus humain, bocavirus humain, parainfluenzavirus humain et coronavirus humain) ont été réalisés. Les objectifs de cette thèse sont donc les suivants 1) l'adéquation des définitions de cas cliniques, des codes CIM et des diagnoses de routine pour la détection des maladies respiratoires aiguës. 2) le poids économique de 8 virus respiratoires différents dans une grande cohorte pédiatrique. 3) les caractéristiques cliniques et le traitement antiviral chez un enfant atteint d'une infection sévère par le virus de la grippe A(H3N2). 4) l'incidence, la gravité de la maladie, les symptômes et l'évolution détaillée de la maladie en cas de double infection par le virus de la grippe chez les enfants. Les résultats des études démontrent que 1) la définition de cas de SG de l'OMS combinée à la RT-PCR constitue une base utile pour la surveillance en milieu hospitalier, tandis que les codes de la CIM-10 ne conviennent pas pour surveiller les taux d'incidence de l'infection à VRS. 2) l'infection par le VRS est la principale cause d'hospitalisation et d'admission en unité de soins intensifs ; le virus de la grippe est la principale cause de ventilation mécanique dans notre contexte. 3) Le zanamivir IV peut être efficace en cas de grippe grave, même s'il est administré plus de 48 heures après l'apparition des symptômes. 4) Les doubles infections par le virus de la grippe sont rares mais peuvent entraîner une maladie compliquée et/ou prolongée.

Abstract: Respiratory viral infections (RVI) are a main cause for healthcare visits and hospitalizations in children. Symptoms range from mild to severe and may include both respiratory and non-respiratory symptoms. Timely and accurate diagnosis and management of RVI are important for the individual patient as well as for infection control and public health surveillance. Hospital-based surveillance of acute RVI usually relies on laboratory reports and/or International Classification of Disease (ICD)-codes assigned to patients. Neither method is free of observer bias, however, as they both rely on a healthcare provider's decision whether to take a sample and to order diagnostic testing. This decision should be based on a patient’s individual risk and disease severity, but other factors (social determinants of health) may also play a role. A clinical decision to obtain diagnostic testing will determine whether specific RVI are recognized and reported as such, but they will also trigger next steps in the clinical case management, which may be associated with considerable costs, especially in hospitalized patients. So far, economic analyses of the inpatient management of the most common types of RVI (especially in comparison to each other) are lacking. This thesis aims to address that gap, taking advantage of a unique cohort resulting from a 6-year Quality Improvement Program (QI) based at one of the largest academic hospitals in Europe, in collaboration with the National Reference Centre for Influenza at the Robert Koch-Institute. From 2009-2015, a total of 6073 ILI patients aged 0-18 years fulfilling pre-defined ILI case criteria underwent detailed prospective surveillance of virology and clinical outcomes. Standardized clinical assessment allowed the QI team to record disease severity and risk factors using the VIVI ScoreApp. At the National Reference Centre for Influenza, real-time PCR testing for the 8 most common respiratory viruses (influenza A and B virus, respiratory syncytial virus, human adenovirus, human rhinovirus, human metapneumovirus, human bocavirus, human parainfluenzavirus and human coronavirus) was performed. Therefore, the objectives of this thesis are: 1) the suitability of clinical case definitions, ICD codes and routine diagnostics for the detection of acute respiratory diseases. 2) the economic burden of 8 different respiratory viruses in a large pediatric cohort. 3) the clinical features and antiviral treatment in a child with severe influenza A(H3N2) infection. 4) the incidence, disease severity, symptoms, and detailed course of illness of influenza virus dual infections in children. The results of the studies demonstrate that 1) The WHO ILI case definition combined with RT-PCR provides a useful basis for hospital-based surveillance, while ICD-10 codes are not suitable to monitor the incidence rates of RVI. 2) RSV infection is the major cause for hospitalization and ICU admission; influenza virus was the main reason for mechanical ventilation in our setting. 3) IV zanamivir can be effective in severe influenza disease, even if started more than 48 h after symptom onset. 4) Influenza virus dual infections are rare but can result in a complicated and /or prolonged disease.