Auteur / Autrice : | Morgane Corre | |
Direction : | Alice Lebreton | |
Type : | Projet de thèse | |
Discipline(s) : | Microbiologie et immunologie | |
Date : | Inscription en doctorat le | Soutenance le 03/10/2023 |
Etablissement(s) : | Université Paris sciences et lettres | |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Complexité du vivant | |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Institut de biologie de l'École normale supérieure (Paris ; 2010-....) | |
Equipe de recherche : Dynamique du dialogue Bactérie-Cellule | ||
établissement opérateur d'inscription : École normale supérieure (Paris ; 1985-....) | ||
Jury : | Président / Présidente : Stephan Vagner | |
Examinateurs / Examinatrices : Alice Lebreton, Sarah Gallois-montbrun, Alessandro Pagliuso, Laurence Arbibe | ||
Rapporteurs / Rapporteuses : Sarah Gallois-montbrun, Alessandro Pagliuso |
Résumé
Introduction La réponse des cellules humaines aux infections bactériennes, plus particulièrement à linfection par Listeria monocytogenes, est largement dépendante de la réorganisation de lexpression de ses gènes. Celle-ci peut être aussi bien affectée par laction des facteurs de virulence de la bactérie que par les réponses de défense mises en place par la cellule hôte. La modification de l'expression des gènes humains dans le contexte des infections a déjà été décrite aux niveaux transcriptionnel, traductionnel et post-traductionnel. Dans ce manuscrit, je propose daborder létude des changements de lexpression des gènes hôtes à travers un angle inédit, soit les modifications de l'épissage des gènes et leurs conséquences fonctionnelles sur la progression de linfection. Matériel et méthodes Jai combiné des données issues dexpériences de séquençages et danalyses bio-informatiques de RNA-Seq en lectures longues et courtes pour détecter précisément et quantifier les évènements dépissage alternatif dans des cellules intestinales épithéliales LoVo infectées par la bactérie pathogène alimentaire Listeria monocytogenes. Jai validé ces résultats par RT-qPCR sur des ARN extraits de cellules infectées ou incubées avec des toxines bactériennes. Pour identifier les cibles de CIRBP, jai procédé par co-immunoprécipitation de CIRBP et de ses ARNm cibles, suivie dun séquençage de ces ARNm (RIP-Seq). Résultats et conclusion Parmi les changements disoformes les plus marqués, lexpression du facteur de réponse au stress cellulaire CIRBP (cold-inducible RNA-binding protein) et de plusieurs SRSF (serine/arginine-rich splicing factors) passent de lexpression dun transcrit canonique à celle de transcrits non-canoniques sensibles à la dégradation par le système de surveillance des ARNm, le NMD (Nonsense-mediated decay), en raison de linclusion dexons « poisons ». Jai montré que le mécanisme sous-jacent à ces régulations dépissage était induit par les dommages causés à la membrane de lhôte par la cytolysine bactérienne listériolysine O (LLO), ce qui conduit à la déphosphorylation des protéines SRSF par la perte de lactivité de la kinase de réponse au stress, CLK1. Ceci a pour conséquence lépissage alternatif de CIRBP mais aussi de CLK1. Lexpression préférentielle de lisoforme instable de CIRBP va se répercute sur la quantité de protéines produites. Ce phénotype peut être élargi à dautres cytolysines bactériennes comme la perfringolysine O, la streptolysine O et laérolysine. Le changement disoformes de CIRBP a un impact sur linfection ; en effet, la répression sélective de lisoforme canonique de CIRBP réduit la charge bactérienne intra-cellulaire alors que celle de lisoforme contenant lexon poison laugmente. De même, les ARNm liés par CIRBP dans des cellules infectées sont davantage impliqués dans la réponse au stress que dans les cellules non-infectées. Nos résultats généralisent donc lépissage de CIRBP et des SRSF à une réponse commune aux stress biotiques et abiotiques, et mettent en lumière sa pertinence dans le contexte dinfection bactérienne.