Génomique appliquée à l'étude des infections par les bactéries des genres Campylobacter et Helicobacter.

par Quentin Jehanne

Projet de thèse en Bioinformatique

Sous la direction de Philippe Lehours.

Thèses en préparation à Bordeaux , dans le cadre de École doctorale Sciences de la vie et de la santé , en partenariat avec Bordeaux Research In Transational Oncology (laboratoire) depuis le 10-10-2019 .


  • Résumé

    La thèse aura pour objectif d'utiliser les outils informatiques modernes dans le but d'enrichir nos connaissances sur les infections bactériennes intestinales et gastriques, plus particulièrement celles liées aux Campylobacter et Helicobacter. Le séquençage haut débit permet aujourd'hui de créer des banques importantes de génomes. Ces banques de données constituent des ressources cruciales dans l'apprentissage du monde du vivant. Il est cependant difficile de traiter cette masse d'informations et l'utilisation d'outils, de programmes et de scripts informatiques est indispensable. Ces outils permettront durant ce doctorat l'étude des gènes (variations alléliques et mutations) et protéines des bactéries citées. Cette exploration 'génomique' aura ainsi pour but d'apporter des éléments de réponse aux différentes problématiques cliniques.

  • Titre traduit

    Genomics applied to the study of campylobacter and helicobacter infections.


  • Résumé

    The main goal of this PhD will be to use modern informatic tools to better understand intestinal and gastric bacteria infections, especially from Campylobacter and Helicobacter bacteria. Today, next-gen sequencing allow us to elaborate large genomes databases. These databases became crucial resources for the understanding of the living. However, various tools, programs and scripts are needed to dig into this amount of data. During this PhD, these tools will grant access to the study of genes (allelic variations and mutations) and proteins of Campylobacters and Helicobacters. This genomic exploration will aim to gave us answers to multiple clinical issues.