Thèse soutenue

Caractérisation en modules fonctionnels des protéines ADAMTS-TSL par approches de phylogénies
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Auteur / Autrice : Olivier Dennler
Direction : Nathalie ThéretFrançois Coste
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génétique, génomique et bioinformatique
Date : Soutenance le 19/12/2022
Etablissement(s) : Rennes 1
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Biologie-Santé (Nantes)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de recherche en santé environnement et travail -- Rennes - Institut de recherche en informatique et systèmes aléatoires (Rennes)
Jury : Président / Présidente : Pierre Tuffery
Examinateurs / Examinatrices : Vincent Berry
Rapporteurs / Rapporteuses : Lydie Lane-Guermonprez, Hugues Richard

Résumé

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Les protéines multidomaines ADAMTS-TSL humaines sont impliquées dans de nombreuses pathologies. Codées par 26 gènes paralogues, leur combinatoire en domaines ne suffit pas à caractériser leurs différences fonctionnelles. Nous proposons dans cette thèse une nouvelle approche d'identification des régions fonctionnelles des séquences. Pour cela nous utilisons des séquences de 9 espèces eucaryotes afin d'identifier des modules de séquences conservées propres à certains sous-groupes de séquences homologues. L'analyse évolutive des modules identifiés est obtenue en effectuant une reconstruction phylogénétique conjointe des gènes, des espèces et des modules. Par ailleurs, pour valider l'intérêt fonctionnel des modules identifiés, nous associons des phénotypes (PPI) à cette histoire évolutive. Ce qui a abouti à identifier des acquisitions concomitantes de « modules/phénotypes », prédisant la fonctionnalité de ces modules. Appliquer cette approche aux protéines ADAMTS-TSL humaines nous a permis d'identifier de nouvelles régions fonctionnelles, plus fines, non contiguës et à même d'en décrire les spécificités.