Thèse soutenue

Modélisation de la répartition spatio-temporelle des oiseaux d'eau en Camargue : un outil pour la gestion
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Auteur / Autrice : David Vallecillo
Direction : Matthieu Guillemain
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Ecologie et Biodiversité
Date : Soutenance le 17/12/2021
Etablissement(s) : Montpellier
Ecole(s) doctorale(s) : GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : France. Office national de la chasse et de la faune sauvage (2000-2019)
Jury : Président / Présidente : Olivier Gimenez
Examinateurs / Examinatrices : Matthieu Guillemain, Olivier Gimenez, Céline Arzel, Emmanuelle Cam, Franck Richard, Gwenaël Quaintenne
Rapporteurs / Rapporteuses : Céline Arzel, Emmanuelle Cam

Mots clés

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Résumé

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De nombreux programmes de suivis utilisent des données de comptage pour quantifier et prévoir les tendances temporelles et spatiales d’évolution des estimations d’abondance. L’objectif principal est d’identifier les espèces nécessitant le plus d'attention en matière de conservation et de gestion. Les méthodes de comptage sont rarement en mesure de fournir des tailles de population absolues, poussant à recourir à l’échantillonnage de la population concernée. Par définition, les données collectées dans tout protocole d’échantillonnage présentent des biais, il est donc important d’évaluer l’influence des biais de comptage sur la compréhension de la dynamique spatio-temporelle de la faune sauvage.À travers cette thèse, nous avons étudié l’influence des biais de comptage (erreur d’estimation des groupes et détection imparfaite des individus) sur les estimations d’abondance d’espèces grégaires et pris en compte ces biais pour modéliser les évolutions de répartition spatial au cours du temps. Pour cela, nous avons utilisé une série de données exceptionnelle, de par sa couverture spatiale et temporelle, de comptages d’oiseaux d’eau en Camargue, au sud de la France. Cette thèse s’articule autour de 2 sections.La première section visait à mieux comprendre le processus d’observation qui génère les données de comptages. Cette recherche méthodologique a porté sur l'amélioration de la collecte des données afin de réduire les biais et/ou d'accroître la précision des estimations d’abondance, et sur le développement de méthodes statistiques capables de prendre en compte les biais ou l'incertitude des données collectées.Le premier article de cette section a montré à quel point il est important de considérer et minimiser les changements d’observateurs dans le temps lorsque l’on souhaite évaluer les tendances d’espèces grégaires, compte tenu de l'erreur d'estimation de la taille des groupes.Dans le deuxième article, nous avons développé un modèle combinant des données de comptage de sources différentes (aérienne et terrestre) afin de prendre en compte la détection imparfaite des individus tout en considérant les surestimations (double comptage, erreur d’identification) qui peuvent survenir durant les comptages.Le troisième article a révélé que la mise en place d’une méthode d’échantillonnage par distance de détection est réaliste d’un point de vue à la fois statistique et économique pour des espèces grégaires caractérisées par une forte hétérogénéité spatiale dans la distribution des groupes.Sur la base de cette première section, la seconde section de cette thèse visait à mieux comprendre les mécanismes écologiques d'évolution temporels et spatiaux de l’abondance de la Sarcelle d’hiver (Anas crecca) dans le delta de Camargue.Le quatrième article applique les modèles développés ci-avant pour montrer que des changements rapides (d’une saison d’hivernage à une autre) dans la gestion hydraulique d’une unité fonctionnelle (remise diurne et zones de gagnages nocturnes à proximité) influencent directement les variations annuelles des effectifs de Sarcelles d’hiver sur la remise.Le cinquième article a montré que l'arrêt de plus en plus précoce de la chasse au cours des 50 dernières années a conduit à une plus grande utilisation de la région par la Sarcelle en début de printemps.Les résultats obtenus en termes de compréhension des méthodes de comptage, de l’écologie des anatidés et de réflexion sur l’évolution des pratiques de gestion des zones humides pourront être mobilisés à l’échelle nationale et internationale pour mieux gérer les espèces grégaires, leurs habitats et la biodiversité associée.