Thèse soutenue

Impact des polyphénols et des rythmes d’alimentation sur les propriétés d’Immunomodulation des bactéries probiotiques dans le tractus gastro-intestinal
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Auteur / Autrice : Alissar Al tarraf
Direction : Jean GuzzoPierre Lapaquette
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Médecine, microbiologie et maladies transmissibles
Date : Soutenance le 24/06/2021
Etablissement(s) : Bourgogne Franche-Comté
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Procédés Alimentaires et Microbiologiques (PAM) (Dijon)
Etablissement de préparation : Université de Bourgogne (1970-....)
Jury : Président / Présidente : Michel Narce
Examinateurs / Examinatrices : Adeline Sivignon
Rapporteurs / Rapporteuses : Catherine Daniel, Michel Hébraud

Mots clés

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Résumé

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Le microbiote intestinal humain est composé de plusieurs types de micro-organismes, notamment des bactéries, des archées, des champignons, des eucaryotes unicellulaires et des virus. Parmi elles, les bactéries sont les plus diverses et les plus abondantes avec un catalogue de gènes 150 fois plus grand que les gènes présents dans le génome humain, ce qui représente un énorme potentiel métabolique. Ces bactéries participent activement au maintien de l'homéostasie intestinale. La dysbiose du microbiote intestinal a pu être observée au cours de nombreuses pathologies humaines, en particulier les maladies inflammatoires les maladies chroniques intestinales (MICI), telles que la maladie de Crohn (MC) ou la colite ulcéreuse (CU). Ces dysbioses pourraient contribuer à l'apparition et à la progression des maladies. Par exemple, des expériences de transplantation de microbiote intestinal en modèle murin ont permis de montrer qu'un microbiote dysbiotique est suffisant pour induire une inflammation chronique du côlon et ainsi conduire au développement d'un syndrome métabolique ou colite. Différentes stratégies d'intervention, notamment la transplantation fécale, l'administration de probiotiques ou encore des régimes nutritionnels spéciaux ont été développées pour agir sur les communautés microbiennes du tube digestif et restaurer l'homéostasie des tissus de l'hôte. Le succès de quelques interventions comme la Transplantation Fécale représente une preuve de concept chez l'homme qu'agir sur la composition du microbiote intestinal est un levier fort pour résoudre certaines situations physiopathologiques associées à la dysbiose du microbiote intestinal. L'alimentation est une autre méthode importante pour moduler le microbiote intestinal car c'est le facteur le plus important qui influence sa composition. En effet, les nutriments ingérés peuvent agir directement sur la composition du microbiote en servant de substrats aux microorganismes et indirectement en modulant l'homéostasie intestinale et les composants du système immunitaire associés, contribuant eux-mêmes à réguler la composition du microbiote. On s'attend à ce que l'ingestion de ces micro-organismes bénéfiques puisse stimuler le système immunitaire, favoriser l'homéostasie intestinale et dans une certaine mesure contribuer à l'équilibre du microbiote intestinal. L'utilisation de microorganismes probiotiques s'avère très efficace dans certaines études pour traiter différentes situations physiopathologiques (colite, syndrome métabolique) chez des organismes modèles de laboratoire (rats, souris), cependant l'utilisation de ces mêmes probiotiques chez l'homme a donné des résultats relativement décevants avec des résultats peu reproductibles dans les cohortes de patients. Sauf pour le traitement de la diarrhée associée aux antibiotiques. Ces écarts de résultats entre modèles précliniques et essais cliniques favorisent une meilleure caractérisation des mécanismes moléculaires utilisés par les probiotiques pour exercer leurs effets bénéfiques et surtout mieux comprendre la relation de ces microorganismes probiotiques avec le microbiote et l'alimentation résidents. Parmi les différentes stratégies d'intervention montantes pratiquées de nos jours dans le but de façonner le microbiote, un intérêt croissant est porté à la restriction calorique (CR) qui a démontré plusieurs effets bénéfiques sur divers systèmes physiologiques, y compris le système gastro-intestinal, en modulant les réponses immunitaires innées et adaptatives. En fait, de nouvelles preuves suggèrent que la fonction du système immunitaire pourrait être fortement influencée par la détection de nutriments, renforçant l'idée que le régime alimentaire peut profondément influencer les réponses inflammatoires.