Caractérisation phénotypiques et génotypiques de souches cliniques d'Enterococcus faecalis: les souches d'Enterococcus responsables d'endocardite sont elles particulières?

Phenotypic and genotypic characterization of Enterococcus faecalis clinical strains: are Enterococcus strains responsible for endocarditis special?

• Auteur / Autrice : Magali Vidal
• Direction : Damien Balestrino
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Inscription en doctorat le 02/11/2023
• Etablissement(s) : Université Clermont Auvergne (2021-...)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des sciences de la vie, santé, agronomie, environnement (Clermont-Ferrand)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire Microorganismes : Génome et environnement

Mots clés

Mots clés libres

Enteroccus

Biofilm

Endocardite

Résumé

Les endocardites sont des infections sévères. Il s'agit d'infections bactériennes des valves cardiaques avec une morbi-mortalité importante. L'Enterococcus faecalis est un germe responsable d'endocardite particulièrement difficile à traiter du fait de sa sensibilité réduite aux antibiotiques. Il est de plus en plus fréquemment retrouvé dans les endocardites, particulièrement sur certaines prothèses valvulaires (Trans-aortic valvular insertion, TAVI). La physiopathologie des endocardites infectieuses reste partiellement connue et implique la formation de biofilm. L'objectif du travail est de caractériser et de comparer des souches d'Enterococcus faecalis issues de prélèvements cliniques (valve cardiaque, hémocultures, infection urinaire, infections dentaires..). La caractérisation sera phénotypique: capacité d'adhésion, formation de biofilm, capacité à former des persisters, et génotypique: présence et expression des gènes de résistance et de virulence. Les capacités à former du biofilm seront étudiées sur des cellules endothéliales mais également sur matériel (nitinol). Ces capacités seront testées dans des conditions statiques (micropuits…) mais également dynamiques. Une partie du travail sera dédiée à l'étude du rôle d'Enteroccocus faecalis isolé dans les infections dentaires, dans l'endocardite infectieuse.

Endocarditis is a severe infection. They are bacterial infections of the heart valves, with a high morbidity and mortality rate. Enterococcus faecalis is a germ responsible for endocarditis that is particularly difficult to treat, due to its reduced sensitivity to antibiotics. It is increasingly frequently found in endocarditis, particularly on certain valve prostheses (Trans-aortic valvular insertion, TAVI). The pathophysiology of infective endocarditis remains partially understood, and involves biofilm formation. The aim of this project is to characterize and compare Enterococcus faecalis strains from clinical samples (heart valves, blood cultures, urinary tract infections, dental infections, etc.). Characterization will be phenotypic: adhesion capacity, biofilm formation, ability to form persisters, and genotypic: presence and expression of resistance and virulence genes. The ability to form biofilms will be studied on endothelial cells as well as on material (nitinol). These capabilities will be tested under both static (microwells, etc.) and dynamic conditions. Part of the work will be dedicated to studying the role of Enteroccocus faecalis isolated from dental infections, in infective endocarditis.