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Génomique et évolution des interactions plante-plante : application à la culture de mélanges variétaux pour une agriculture zéro pesticide

by Clément Plessis

Thesis project in EERGP-Biologie et Ecologie Evolutives

Under the supervision of Hélène Fréville and Jacques David.

Ongoing thesis at Montpellier, SupAgro , under the authority of GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...) , in a partnership with AGAP Institut, Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (laboratoire) and Génomique évolutive et gestion des populations (GE2pop) (equipe de recherche) since 01-12-2022 .

  • Alternative Title

    Genomics and evolution of plant-plant interactions: application to the cultivation of varietal mixtures for zero-pesticide agriculture


  • Abstract

    Reintroducing genetic diversity into plots by cultivating mixtures of genotypes could be an interesting avenue to explore in order to develop more sustainable agriculture. The interest of mixtures in agronomy has been the subject of an abundant literature since the 1960s, these descriptive studies showing contrasting results. To date, the mechanisms that determine the interactions between genotypes in the context of mixed crops remain largely unexplored. Using durum wheat and wheat septoria, a major leaf disease, as a model system, the aim of the thesis is to identify genomic regions for which the allelic combinations in the mixture affect disease resistance and yield, to disentangle the underlying mechanisms, and to identify the impact of domestication and varietal improvement on the evolution of plant-plant-pathogen interactions. The doctoral student will join the very large MOBIDIV consortium comprising 17 research units in France.


  • Abstract

    Réintroduire de la diversité génétique dans les parcelles en cultivant des mélanges de génotypes pourrait constituer une voie intéressante à explorer pour développer une agriculture plus durable. L'intérêt des mélanges en agronomie a fait l'objet d'une abondante littérature depuis les années 1960, ces études descriptives montrant des résultats contrastés. A ce jour, les mécanismes qui déterminent les interactions entre génotypes dans le contexte des cultures en mélange restent largement inexplorés. En utilisant le blé dur et la septoriose du blé, une maladie foliaire majeure, comme système modèle, l'objectif de la thèse est d'identifier des régions génomiques pour lesquelles les combinaisons alléliques dans le mélange affectent la résistance aux maladies et le rendement, de démêler les mécanismes sous-jacents, et d'identifier l'impact de la domestication et de l'amélioration variétale sur l'évolution des interactions plante-plante-pathogènes. Le doctorant intégrera le très large consortium MOBIDIV comprenant 17 unités de recherche en France.