Détection, investigation et contrôle des maladies émergentes. Expériences en santé mondiale

Detection, investigation and control of emerging diseases. Experiences in Global Health

• Auteur / Autrice : Mathias Altmann
• Direction : François Dabis
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Santé publique Option Epidémiologie
• Date : Soutenance le 06/07/2022
• Etablissement(s) : Bordeaux
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sociétés, politique, santé publique (Bordeaux)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de Biotechnologie et Microbiologie Appliquée (Bordeaux)
• Jury : Président / Présidente : Antoine Pariente
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Catherine Marimoutou, Hélène Jacqmin-Gadda
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Jean Gaudart, Jean-François Etard

Mots clés

Mots clés contrôlés

Maladies transmissibles émergentes

Épidémies

Santé publique

Maladies infectieuses émergentes

Mots clés libres

Maladies infectieuses émérgentes

Surveillance

Contrôle

Investigation

Épidémies

Emerging infectious diseases

Surveillance

Control

Investigation

Outbreak

Résumé

Contexte : l'émergence de maladies infectieuses est la conséquence de déséquilibres dynamiques, au sein d'écosystèmes complexes distribués à une échelle géographique donnée comprenant des humains, des animaux, des agents pathogènes et l’environnement. La mondialisation croissante des échanges implique une augmentation des flux internationaux de voyageurs et de marchandises qui peut favoriser la propagation des maladies infectieuses. Dorénavant, une crise sanitaire dans une région ou un pays peut avoir des répercussions très rapides sur la santé et l’économie dans de nombreuses parties du monde. Détecter les émergences, les comprendre par des investigations de terrain sont des étapes indispensables pour mieux contrôler les futures épidémies et pandémies. Expériences : au cours de mon parcours professionnel, mon travail personnel m’a permis d’aborder ces trois dimensions au travers de trois études qui ont donné lieu à publication dans des revues internationales à comité de lecture. Etude 1) Au cours d’une épidémie nationale d’Escherichia Coli O104 :H4 en 2011, j’ai exploré la rapidité du système de surveillance allemand en matière de détection, et recommandé une révision du système de surveillance en organisant la notification par les médecins et chefs de laboratoires dans une base de données centralisée et partagée avec différents droits d'accès par les services de santé aux niveau local, régional et national. Etude 2) Au décours de la pandémie grippale en 2009, j’ai investigué et comparé les caractéristiques des cas sévères pédiatriques en Allemagne durant deux saisons. La gravité inchangée de la grippe A(H1N1)pdm09 au cours de la première saison post pandémique (2010-11) et la proportion élevée et constante d'infections possiblement acquises à l'hôpital ont souligné le défi de prévenir les cas pédiatriques au-delà de la situation pandémique. Etude 3) Lors de l’épidémie du virus Ebola (MVE) en 2014, j’ai évalué les performances du contact tracing au Libéria en tant que mesure de contrôle spécifique. Malgré l'ampleur sans précédent du contact tracing pour la MVE au Libéria, sa capacité à détecter de nouveaux cas était limitée, en particulier dans les zones urbaines et pendant le pic épidémique. Discussion : la pandémie de Covid-19 a révélé des faiblesses des systèmes de surveillance dans presque tous les pays. Les leçons apprises au cours des épidémies et pandémies précédentes telles que celles auxquelles j’avais été exposé professionnellement et que je rapporte ici ont été insuffisamment prise en considération. En Afrique, les estimations de l’incidence et de la mortalité sont respectivement 100 fois et 15 fois plus élevées que les notifications. Parmi les explications à ces différences très importantes, on doit citer la faiblesse des systèmes de surveillance, du suivi des contacts, de l’utilisation des tests de dépistage et de diagnostic et le manque d’accès aux soins. L’amélioration des systèmes de surveillance des maladies émergentes nécessite : 1) d’accélérer la digitalisation et la mise en réseau des systèmes d’information sanitaire à tous les niveaux, des centres de santé et laboratoires périphériques jusqu’à l’échelon international ; 2) la captation, l’utilisation effective et la mise en relation d’autres sources de données (communautaires, enregistrements des décès, données animales et environnementales) et l’utilisation régulée d’internet et des réseaux sociaux ; 3) de renforcer les compétences et l’expertise des épidémiologistes de terrain et leur mise en réseau ; 4) d’investir dans la recherche au cours et entre les épidémies ; et 5) que les bailleurs de fonds et les gouvernements reconnaissent le caractère inévitable des prochaines épidémies de maladies infectieuses ou autres, aux conséquences graves, notre vulnérabilité à celles-ci et la nécessité d’investir en santé mondiale.

Context: the emergence of infectious diseases is the consequence of dynamic imbalances, within complex ecosystems distributed at a given geographical scale including humans, animals, pathogens and the environment. The increasing globalization of trade implies an increase in international flows of travelers and goods which can promote the spread of infectious diseases. From now on, a health crisis in one region or country can have very rapid repercussions on health and the economy in many parts of the world. Detecting emergences and understanding them through field investigations are essential steps to better control future epidemics and pandemics. Experience: during my professional career, my own work has allowed me to address these three dimensions through three studies that have resulted in publications in international peer-reviewed journals. Study 1) During a nationwide outbreak of Escherichia Coli O104:H4 in 2011, I explored the timeliness of the German surveillance system for detection, and recommended a review of the surveillance system by organizing reporting by doctors and heads of laboratories in a centralized and shared database with different access rights by health services at local, regional and national level. Study 2) Following the influenza pandemic in 2009, I investigated and compared the characteristics of severe pediatric cases in Germany during two epidemic seasons. The unchanged severity of influenza A(H1N1)pdm09 during the first post-pandemic season (2010-11) and the consistently high proportion of possibly hospital-acquired infections highlighted the challenge of preventing pediatric cases beyond the pandemic situation. Study 3) During the Ebola virus (EVD) outbreak in 2014, I evaluated the performance of contact tracing in Liberia as a specific control measure. Despite the unprecedented scale of contact tracing for EVD in Liberia, its ability to detect new cases was limited, especially in urban areas and during the epidemic peak. Discussion: the Covid-19 pandemic has revealed weaknesses in surveillance systems in almost all countries. Lessons learned during previous epidemics and pandemics such as those to which I had been exposed professionally and which I report here have been insufficiently considered. In Africa, estimates of incidence and mortality are respectively 100 times and 15 times higher than official reports. Explanations for these very large differences include weak surveillance systems, insufficient use of contact tracing, screening and diagnostic tests, and lack of access to care. Improving surveillance systems for emerging diseases requires: 1) accelerating the digitization and networking of health information systems at all levels, from health centers and peripheral laboratories to the international level; 2) the capture, effective use and linking of other data sources (communitybased, death registries, animal and environmental data) and the regulated use of the internet and social networks; 3) to strengthen the skills and expertise of field epidemiologists and their networking; 4) to invest in research during and between epidemics; and 5) that donors and governments recognize the inevitability of future epidemics of infectious and other disease conditions with serious consequences, our vulnerability to them and the need to invest in global health.