Etude de la structure et la dynamique de Mcl-1 : application en cancérologie

Study of the structure and dynamics of Μcl-1 : application in oncology

• Auteur / Autrice : Mohammed Benabderrahmane
• Direction : Jana de Oliveira Santos, Ronan Bureau
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie
• Date : Soutenance le 11/12/2020
• Etablissement(s) : Normandie
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale normande de chimie (Caen)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre d'études et de recherche sur le médicament de Normandie (Caen ; 2008-....)
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jana de Oliveira Santos, Ronan Bureau, Pascal Bonnet, Laurent Chaloin, Gautier Moroy, Anne-Sophie Voisin-Chiret
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Pascal Bonnet, Laurent Chaloin

Mots clés

Mots clés contrôlés

Cancérologie

Apoptose

Allostérie

Dynamique moléculaire

Structure

Protéine MCL-1

Mots clés libres

Protéines anti-apoptotiques

Anti-apoptotic proteins

Mcl-1 protein

Molecular Dynamics

Metadynamics

Allostery

Résumé

Ce travail ayant pour objet l’étude de la structure et la dynamique de Mcl-1, une protéine anti-apoptotique d’intérêt en cancérologie, est scindé en trois parties.Une première étude concerne une caractérisation du mode d’interaction du Pyridoclax (un inhibiteur BH3-mimétique) avec Mcl-1 par des approches expérimentales (RMN) et théoriques (simulations de dynamique moléculaire). Une deuxième partie est consacrée à l’étude et à la caractérisation des espaces conformationnels de Mcl-1 et son mode d’inhibition allostérique. Le troisième volet de ce travail, traite d’une approche d’analyse, basée sur des simulations de métadynamique avec comme application la détection du répertoire des poches cryptiques de Mcl-1.

This work, which aims to study the structure and dynamics of Mcl-1, an anti-apoptotic protein of interest in cancer, was carried out in three parts.A first study focused on a characterization of the interaction mode of Pyridoclax (a BH3-mimetic) with Mcl-1 by experimental (NMR) and theoretical approaches (molecular dynamics simulations). A second part is devoted to the study and characterization of the conformational space of Mcl-1 and its mode of allosteric inhibition. In the last part of this work, Metadynamics simulations on essential dynamics space as a general approach for Mcl-1’s cryptic pockets detection were evaluated.