Etude à grande échelle du rôle de TFIIS et de ses partenaires dans la transcription chez les eucaryotes

Genome-wide study of the role of TFIIS and its partners in eukaryotic transcription

• Auteur / Autrice : Yad Ghavi-Helm
• Direction : Julie Soutourina
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Paris 11
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Saccharomyces cerevisiae

ARN polymérases

Transcription génétique

Résumé

Au cours de ma thèse, je me suis intéressée au facteur de transcription TFIIS, un facteur d'élongation de l'ARN polymérase II impliqué dans la stimulation de l'activité de clivage intrinsèque de cette enzyme. L'étude de la localisation globale du facteur TFIIS sur le génome de Saccharomyces cerevisiae par ChIP-on-chip a révélé que TFIIS, en plus d'être présent sur les gènes de classe II (ie. Transcrits par l'ARN polymérase II), est également présent sur l'ensemble des transcrits de classe III (ie. Transcrits par l'ARN polymérase III), suggérant ainsi un rôle jusqu'alors inconnu de cette protéine dans la transcription par l'ARN polymérase III. Des expériences de génomique, de génétique et de biochimie nous ont permis de montrer que TFIIS est un facteur de transcription de l'ARN polymérase III impliqué dans le choix du site d'initiation de la transcription. Par la suite, j'ai souhaité poursuivre cette étude chez Mus musculus, afin de déterminer, entre autres, si le rôle de TFIIS dans la transcription par l'ARN polymérase III est conservé chez les eucaryotes pluricellulaires. Des expériences préliminaires révèlent que Tcea1, l'une des isoformes de TFIIS chez M. Musculus, serait présent sur quelques gènes de classe II et III. Lors de ma thèse, j'ai également pris part à deux autres projets en cours dans le laboratoire. L'un a porté sur le rôle du Médiateur, un complexe multiprotéique coactivateur de la transcription par l'ARN polymérase II, dans la mise en place du complexe de préinitiation via le recrutement du facteur TFIIH. Le second projet a permis de montrer que l'ARN polymérase II agit comme un senseur de la disponibilité en nucléosides triphosphates dans la cellule.

During my thesis I worked on the transcription factor TFIIS, which is responsible for the stimulation of the cleavage activity of arrested RNA polymerase II (Pol II). The genome-wide location analysis of TFIIS in Saccharomyces cerevisiae using ChIP-on-chip experiments revealed that TFIIS is located on many Pol II-transcribed genes, but also on all Pol III-transcribed genes, thus suggesting an unsuspected role of this protein in Pol III transcription. Further in vivo and in vitro experiments allowed us to propose that TFIIS is a Pol III transcription factor implicated in start site selection. I then decided to pursue this study in Mus musculus, in order to determine if the role of TFIIS in Pol III transcription is conserved in higher eukaryotes. Preliminary experiments revealed that Tcea1, one of the TFIIS isoforms in M. Musculus, is located on some Pol II and Pol III transcribed genes. During my thesis, I have also been involved in two other projects. One of them focused on the role of the Mediator, a multiprotein coactivator complex of the RNA polymerase II, in the formation of the preinitiation complex by recruiting the TFIIH factor. The other project allowed us to demonstrate that the RNA polymerase II acts as a sensor of the nucleoside triphosphate availability in the cell.