Evolution et dynamique de la rage canine en Afrique

Evolution and dynamics of dog RABV in Africa

• Auteur / Autrice : Chiraz Talbi
• Direction : Hervé Bourhy, Ahmed Masmoudi
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie. Virologie
• Date : Soutenance en 2009
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés libres

Lyssavirus

Diversité

Evolution

Phylogéographie

Dynamique

Résumé

La diversité génétique des lyssavirus trouve son expression dans la capacité à coloniser de nombreuses niches écologiques et de nouveaux hôtes. Pendant la diffusion épidémique, les virus à ARN capables d’évoluer rapidement, accumulent des mutations informatives au niveau de leur génome, la diffusion spatiale laisse donc son empreinte sur le génome. La reconstruction de l’histoire de la diffusion spatiale basée sur les séquences génomiques permet donc de comprendre la dynamique d’évolution de l’épidémie. Dans ce travail, on a étudié la diversité génétique des lyssavirus, par la suite, on s'est spécifiquement intéressé à étudier l’évolution et la dynamique la rage canine en Afrique. L’analyse phylogénique de 22 génomes complets confirme la séparation des lyssavirus en 7 génotypes. La comparaison basée sur la totalité du génome nous amène à proposer de nouveaux critères de définition d'un nouveau génotype. L’étude des virus rabiques canins en Afrique montre qu’ils sont associés à l’émergence récente de deux lignées: Africa 1 et Africa 2 il y a moins de 200 ans. L’analyse de la dynamique spatiale des RABV montre que le mouvement des populations virales entre les pays de l’Afrique du Nord et les régions subsahariennes est absent. Cette diffusion est plutôt caractérisée par des mouvements de migrations selon un axe est-ouest en Afrique de l’Ouest et du Nord. Ces investigations permettent de mieux comprendre la structuration génétique et géographique des populations des RABV canins ainsi que la dynamique de la rage chez les chiens domestiques ce qui est crucial pour déterminer des stratégies d’élimination efficaces de la rage.

Genetic diversity of lyssaviruses is reflected in the ability of lyssavirus to colonize numerous ecological niches and new hosts. During the epidemic spread, RNA viruses evolve rapidly and can accumulate informative mutations in their genome, the spatial diffusion therefore, leaves its imprint on the genome. Reconstructing the history of the spatial distribution based on genomic sequences can therefore help to understand the epidemiological dynamic evolution. In this work, we first studied the genetic diversity of lyssavirus, and then we specifically addressed the question of the evolution and dynamics of dog rabies viruses in Africa. The phylogenetic analysis of 22 complete genomes confirms the separation of lyssavirus in 7 genotypes. The comparison based on the whole genome leads us to propose new criteria for defining a new genotype. The study of dog rabies virus in Africa shows that they are associated with the emergence of tow lineages: Africa 1 and Africa 2 introduced into this region only recently (probably <200 years ago). Spatial Dynamic analysis revealed that there was no spread of rabies between the countries of northern Africa and those of the sub-Saharan region. This distribution is rather characterized by east to west spread across west and north Africa. These investigations provide insight into the genetic structure and geographical populations of dog RABV and the dynamics of rabies in domestic dogs, which is crucial to identify effective strategies for eliminating rabies.