Identification des lieux à risque de transmission du SARS-CoV-2, du rôle des enfants dans la transmission intra-domiciliaire et de la période d'incubation des principaux variants dans une étude cas-témoins menée en ligne en France

Identifying the settings at risk of transmission of SARS-CoV-2, the role of children in household transmission, and the incubation period of the main variants in an online case-control study in France

• Auteur / Autrice : Simon Galmiche
• Direction : Arnaud Fontanet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Épidémiologie
• Date : Soutenance le 31/05/2024
• Etablissement(s) : Sorbonne université
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Pierre Louis de santé publique : épidémiologie et sciences de l'information biomédicale (Paris ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Epidémiologie des Maladies Emergentes (Paris)
• Jury : Président / Présidente : Laurence Meyer
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Annelies Wilder-Smith, Steven Van Gucht
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Laurence Meyer, Gabriel Birgand

Mots clés

Mots clés contrôlés

Période d'incubation de la maladie infectieuse

Covid-19

Maladies infectieuses -- Transmission

SARS-CoV-2 (virus)

Mots clés libres

SARS-CoV-2

COVID-19

Domicile

Incubation

Transmission

SARS-CoV-2

COVID-19

Household

Incubation

Transmission

Résumé

Notre objectif était d’identifier, pour l’infection à SARS-CoV-2, les lieux de transmission, le rôle des enfants dans la transmission intra-domiciliaire et la période d’incubation. Dans une étude cas-témoins en France métropolitaine incluant des adultes avec infection récente et des témoins non infectés appariés sur l’âge, le sexe, la région, la taille de population, et la semaine, nous avons estimé les odds ratios d’infection par le SARS-CoV-2 pour certains lieux d’intérêt, comportements, activités et la présence d’enfants au domicile. Nous avons analysé les circonstances de transmission décrites par les cas. Nous avons étudié l’effet de l’isolement entre un enfant infecté et les parents au sein des foyers, et la période d’incubation pour différents variants. D’octobre 2020 à octobre 2022, nous avons inclus 691454 cas et 57065 témoins. Après appariement de 175688 cas avec 43922 témoins (4 :1) durant l’étude divisée en neuf périodes, nous avons identifié un risque augmenté d’infection associé aux bureaux partagés, transports en commun et lieux de loisirs. Parmi les cas ayant identifié la source de transmission, celles-ci avaient lieu principalement dans les foyers, auprès de la famille élargie ou d’amis, ou sur le lieu de travail. Les personnes vivant avec des enfants avaient un risque augmenté d’infection, mais l’isolement d’un enfant infecté (notamment l’aération des espaces clos) était associé à une diminution de la transmission. La période d’incubation du variant omicron était environ 1 jour plus courte que pour le variant historique. Cette étude apporte des éléments de preuve sur la transmission du SARS-CoV-2 qui contribueront à la préparation aux prochaines pandémies.

We aimed to identify the community settings associated with the risk of SARS-CoV-2 infection, the role of children in household transmission, and the incubation period of the SARS-CoV-2 infection. In a case-control study conducted in mainland France among adults with recent infection and uninfected controls matched on age, sex, region, population size, and calendar week, we estimated the odds ratios of SARS-CoV-2 infection for community settings, behaviours, activities, and children presence in the household. We leveraged the case series to describe the circumstances of transmission. We studied the effect of intra-household isolation from a child with ongoing infection. We determined the incubation period across variants of SARS-CoV-2. Between October 2020 and October 2022, we included 691,454 cases and 57,065 controls. After matching 175,688 cases with 43,922 controls (4:1) across the study divided into nine periods, we identified the risk associated with shared offices, shared transport, and leisure activities. Among the cases who could identify the source of transmission, the most reported transmissions took place in the household, with extended family or friends, or in the workplace. People living with children were at increased risk of infection, but isolation from an infected child (particularly ventilation of indoor areas) was associated with decreased transmission. The incubation period of the omicron variant was shorter by approximately 1 day compared with the historical strain. The evidence provided by this study on the transmission of SARS-CoV-2 will help design mitigation strategies in the context of pandemic preparedness.