Thèse soutenue

De la colonisation à l'infection : suivi de la composition du microbiote respiratoire et des caractéristiques microbiologiques des aspirats endotrachéaux des patients intubés-ventilés en Réanimation

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Auteur / Autrice : Sylvain Meyer
Direction : Olivier Barraud
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie Chimie Santé mention Immunologie, oncologie, inflammation, infectiologie
Date : Soutenance le 24/06/2024
Etablissement(s) : Limoges
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Ω-LIM-Biologie-Chimie-Santé (Limoges ; 2022-)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (Limoges)
Jury : Président / Présidente : Marie-Cécile Ploy
Examinateurs / Examinatrices : Anne Jamet, Bruno François
Rapporteurs / Rapporteuses : Antoine Guillon, Geneviève Héry-Arnaud

Résumé

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La pneumopathie acquise sous ventilation mécanique (PAVM) est l’infection associée aux soins la plus fréquente dans les services de Réanimation et la complication infectieuse respiratoire majeure du patient intubé-ventilé. Elle fait suite à la colonisation des voies respiratoires inférieures par des bactéries de la flore oro-pharyngée, digestive ou environnementale. La transition de la colonisation vers l’infection n’est, pour l’heure, pas bien comprise mais la présence d’une dysbiose pulmonaire au cours de la ventilation mécanique (VM) suggère un rôle important du microbiote respiratoire dans sa survenue. L’objectif principal de ce travail était de mieux comprendre l’évolution du microbiote respiratoire du patient intubé-ventilé, en particulier dans le contexte des PAVM précoces (< 7 jours) à Staphylococcus aureus. Pour cela, dans une première étude, l’analyse quotidienne du microbiote des aspirats endotrachéaux (AET) a montré une forte variabilité inter-individuelle du microbiote au cours de la VM. Chez les patients développant une PAVM à S. aureus, l’augmentation de bactéries anaérobies a été observée un à deux jours avant la survenue de la PAVM, ce qui pourrait suggérer des coopérations métaboliques entre bactéries. Dans une deuxième étude, nous avons collecté l’intégralité des AET dans une cohorte homogène de patients intubés-ventilés et avons mis en évidence une augmentation significative du volume journalier des AET précédant le diagnostic de PAVM précoce, avec une spécificité de 93%. Enfin, dans une troisième étude, le séquençage de 180 génomes entiers de S. aureus isolés de prélèvements respiratoires de patients sous VM, a révélé une population polyclonale. L’analyse des gènes de virulence n’a pas montré de corrélation avec la survenue de PAVM précoces. A travers ces trois études, nous avons révélé des signatures microbiologiques complexes au cours de la VM, qui pourraient permettre de mieux comprendre la physiopathologie de la maladie.