Approche One-Health et épidémiologie sanitaire pour l'étude de la dynamique de la dissémination environnementale de la résistance aux antibiotiques en Guadeloupe

One-Health approach and health epidemiology to study the dynamic of the environmental spread of antibiotic resistance in Guadeloupe

• Auteur / Autrice : Mélanie Pimenta
• Direction : Christophe Dagot, Marie-Cécile Ploy
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie Chimie Santé mention Santé publique, épidémiologie, environnement et sociétés
• Date : Soutenance le 26/03/2024
• Etablissement(s) : Limoges
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Ω-LIM-Biologie-Chimie-Santé (Limoges ; 2022-)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (Limoges)
• Jury : Président / Présidente : Didier Hocquet
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Christophe Dagot, Sabine Favre-Bonté, Charlotte Arnal, Xavier Bellanger
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Didier Hocquet, Sabine Favre-Bonté

Mots clés

Mots clés contrôlés

Guadeloupe

Eaux usées

Résistance aux antibiotiques

Mots clés libres

Résistance aux antibiotiques

One-Health

Guadeloupe

Eaux usées

Antibiotic resistance

One-Health

Guadeloupe

Wastewater

Résumé

La résistance aux antibiotiques est devenue au fil des années un problème de santé publique majeur au niveau mondial. Connaissant l’interdépendance entre les écosystèmes humains, animaux et environnementaux, il est nécessaire d’appréhender celle-ci au travers d’une approche globale, One-Health. Divers facteurs sont associés à la dynamique de la résistance. Parmi eux, les facteurs sociétaux, tels que le tourisme, et les facteurs environnementaux, incluant la saisonnalité ou les composés auxquels sont exposées les bactéries, composant l’exposome, ont été proposés. Afin d’évaluer les voies de transmission et l’impact de ces facteurs sur la résistance, nous avons utilisé une approche d’épidémiologie sanitaire par une surveillance des eaux usées et des milieux récepteurs. Pour cela, quatre campagnes d’échantillonnage ont été réalisées en Guadeloupe, île française des Caraïbes, le long de deux continuums. Un premier continuum allant du CHU jusqu’au milieu récepteur naturel, en passant par une station de traitement des eaux usées. Des fèces d’animaux vivant dans ou en dehors de la station ont également été prélevés. Le deuxième continuum comprenait deux villes avec un niveau de tourisme différent, et des prélèvements d’effluents collectés dans les toilettes d’avions provenant de France métropolitaine. Par analyse de l’exposome, du microbiome et du résistome nous avons montré une grande diversité de composés chimiques et métalliques auxquels sont exposées des bactéries potentiellement porteuses de gènes de résistance. Ce projet a permis de voir que la résistance en Guadeloupe était comparable à celle de la métropole, que la saisonnalité, pourtant spécifique, n'était pas discriminante et que le tourisme avait peu d’impact sur les résistomes. Il a été noté que la surveillance des effluents des zones hôtelières pourrait apporter des informations plus pertinentes sur les résistomes des touristes.

Over the years, antibiotic resistance has become a major public health issue worldwide. Given the interdependence between human, animal and environmental ecosystems, we need to take a global approach, One-Health, to study this issue. Various factors are associated with the dynamic of resistance. These include societal factors, such as tourism, and environmental factors, including seasonality and the compounds to which bacteria are exposed, making up the exposome. To assess the transmission routes and the impact of these factors on resistance, we used an epidemiology approach involving the monitoring of wastewater and receiving environments. Four sampling campaigns were done in Guadeloupe, a French Caribbean island, along two continuums. The first continuum ran from the teaching hospital to the natural receiving environment through a wastewater treatment plant. Samples of feces from animals living in or outside the plant were also taken. The second continuum included two cities with different levels of tourism, and samples of effluents collected in aircraft toilets coming from mainland France. By analyzing the exposome, the microbiome and the resistome, we showed a wide diversity of chemical and metallic compounds to which bacteria potentially carrying resistance genes are exposed. This project showed that antimicrobial resistance in Guadeloupe was comparable to that in mainland France, that seasonality, although specific, was not discriminating and that tourism had little impact on resistomes. It was noted that monitoring effluent from hotel areas could provide more relevant information on tourist resistomes.