Thèse soutenue

Réorganisation structurale et fonctionnelle du génome lors de l'entrée en quiescence

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Auteur / Autrice : Manuela Baquero Perez
Direction : Angela Taddei
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génétique et génomique
Date : Soutenance le 12/10/2023
Etablissement(s) : Université Paris sciences et lettres
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Complexité du vivant (Paris ; 2009-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Dynamique du noyau (Paris ; 2014-....)
établissement opérateur d'inscription : Institut Curie (Paris ; 1978-....)
Jury : Président / Présidente : Fredy Barneche
Examinateurs / Examinatrices : Angela Taddei, Naama Barkai, Domenico Libri, Benoit Arcangioli, Benoît Palancade
Rapporteurs / Rapporteuses : Naama Barkai, Domenico Libri

Résumé

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Le génome eukaryote est organisé en larges structures chromatiniennes occupant des domaines distincts dans le noyau. Cette organisation de l’ADN contribue à assurer les fonctions génomiques. Notre objectif est d’élucider les déterminants du comportement spatial et temporel de la chromatine ainsi que leur impact sur les fonctions du génome. Pour aborder cette question, nous utilisons la levure à bourgeon comme organisme modèle nous permettant de combiner efficacement des approches de génétique, de microscopie avancée et des approches à haut débit. Nous nous concentrons sur un état de développement particulier, la quiescence, qui se caractérise par un arrêt réversible du cycle cellulaire et qui est souvent associé à une résistance accrue au stress et à la longévité.Notre équipe a récemment montré que la chromatine des cellules quiescentes subit une réorganisation spatiale majeure. Ici, nous avons étudié la relation entre le réarrangement du génome et la reprogrammation transcriptionnelle se produisant avant l'entrée en quiescence. Nous avons ensuite caractérisé l'état de la transcription dans les cellules quiescentes et identifié une distribution de la machinerie de transcription dans le génome spécifique à la quiescence. Nous avons trouvé un rôle pour cette liaison dans le redémarrage de la transcription lorsque les cellules sortent de l'état de quiescence. En outre, nous avons étudié l'hétérogénéité de la transcription au sein de la population quiescente et lors de la sortie de l'état de quiescence.Dans l'ensemble, le projet combine la génétique, la génomique et la microscopie pour étudier l'organisation de la chromatine en quiescence. Comme l'analyse de la durée de vie chronologique de la levure a souvent été prédictive des processus influençant la durée de vie dans différentes espèces, nous prévoyons que des principes de base émergeront de nos études avec de larges implications pertinentes dans d'autres organismes. En outre, la quiescence étant une caractéristique commune aux cellules souches et à certaines cellules cancéreuses, les résultats concernant l'architecture du génome sont très pertinents pour les domaines de recherche sur ces types de cellules.