Thèse soutenue

Besoins écologiques des foraminifères benthiques dans les milieux de transition naturels et modifiés par l'Homme : implications pour la biosurveillance

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Auteur / Autrice : Jean-Charles Pavard
Direction : Laurent SeurontVincent Bouchet
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie de l'environnement, des organismes, des populations, écologie
Date : Soutenance le 31/05/2023
Etablissement(s) : Université de Lille (2022-....)
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la matière, du rayonnement et de l'environnement (Lille ; 1992-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire d'Océanologie et de Géosciences (LOG)
Établissement public : Agence de l'eau Artois-Picardie
Jury : Président / Présidente : Nicolas Spilmont
Examinateurs / Examinatrices : Hugues Blanchet, Fabio Francescangeli
Rapporteurs / Rapporteuses : Irina Polovodova Asteman, Emmanuelle Geslin

Résumé

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Les milieux de transition sont situés à l'interface des eaux marines et des eaux terrestres. Soumis à la fois aux marées et aux crues, ces écosystèmes naturellement variables et riches en matière organique sont contraignants pour les organismes. Les assemblages d'espèces tolérantes à ces milieux sont caractérisés par une faible diversité. L'accroissement des pressions anthropiques sur ces milieux impactent aussi la diversité, rendant difficile l'évaluation de l'origine du stress sur ces organismes. Les indicateurs biotiques actuels montrent leurs limites dans ces milieux en leur attribuant un tout aussi mauvais état écologique que les milieux plus anthropisés. La mise en oeuvre d'un indicateur dans ces milieux requiert donc une bonne connaissance de l'écologie des espèces présentes ainsi que des paramètres environnementaux influençant leur distribution pour discriminer les stress anthropiques des stress naturels. Pour répondre à cette problématique, nous avons utilisé un groupe d'indicateurs connus de la méïofaune, les foraminifères benthiques, dans plusieurs milieux de transitions de la Manche (baie, estuaire, port) et dans l'estuaire de la Gironde. Dans la première partie de cette thèse, nous avons développé une méthode permettant de distinguer rapidement et morphologiquement trois espèces pseudo-cryptiques du genre Ammonia afin de mieux comprendre leurs besoins écologiques et leur répartition dans les milieux de transition. Parmi elles, Ammonia confertitesta, une espèce non-indigène provenant d'Asie, a potentiellement remplacé les deux espèces autochtones dans l'estuaire de la Gironde. De plus, il apparait que les ports commerciaux représentent un habitat spécifique de cette espèce, renforçant son statut d'espèce exotique en Europe. Dans la deuxième partie de cette thèse, nous avons déterminés que les compositions d'espèces étaient régies par un gradient biogéographique mais aussi par un gradient environnemental de quantité de carbone organique, de métaux traces et granulométrique. Nous avons aussi pu établir une liste d'espèces indicatrices suivant le niveau de perturbations environnementales, mais aussi identifier 4 espèces introduites non encore répertoriées dans la Manche. Nous avons aussi comparé les assemblages d'espèces de foraminifères dans le port de Dunkerque avec un groupe d'indicateur de référence, la macrofaune. La diversité dans le port, pourtant désigné comme écosystème très dégradé, était plus riche qu'espérée illustrant le besoin urgent de s'intéresser à l'écosystème « port ». Dans cet habitat, les foraminifères ont montré qu'ils pouvaient être plus pertinents que la macrofaune pour détecter la forte pollution en matière organique. Toutefois, nos travaux montrent que les indices basés sur les foraminifères, même s'ils ont été performants, ont montré leurs limites pour détecter la pollution plus modérée et nécessitent d'être améliorés pour mieux évaluer la qualité écologique des milieux moins ou peu pollués.