Analyse intégrative des réseaux dérégulés dans le cancer de la prostate pour un traitement personnalisé

Integrative analysis of deregulated networks in prostate cancer for personalized treatment

• Auteur / Autrice : Yasenya Kasikci
• Direction : Susan Chan, Hinrich Gronemeyer
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
• Date : Soutenance le 19/09/2023
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Lucas Waltzer
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Canan Nebigil-Désaubry
• Jury : Rapporteur / Rapporteuse : Lucas Waltzer, Christoph Plass

Mots clés

Mots clés contrôlés

Médecine personnalisée

Interactions protéine-protéine

Génétique

Prostate -- Cancer

Mots clés libres

Biologie des systèmes du cancer

Cancer de la prostate

Thérapie personnalisée

Réseaux appariés chez les patients

Cancer systems biology

Prostate cancer

Personalized therapy

Patient-matched deregulated

Résumé

Le cancer de la prostate (CP) est le deuxième cancer le plus fréquent chez les hommes, avec une partie significative impliquant la fusion TMPRSS2-ERG. Malgré des données génomiques/transcriptomiques étendues sur le cancer, la compréhension de l'impact des mutations et de la transcription altérée sur les réseaux régulateurs des patients atteints de CP est limitée. Notre étude a utilisé des échantillons de tumeurs appariés chez les patients pour explorer les variations somatiques et les profils transcriptomiques dans les cancers de la prostate ERG+. En intégrant des bases de données d'interactions protéine-protéine et de réseaux de régulation génique, nous avons découvert des altérations de réseaux spécifiques adaptées à chaque patient, avec chaque cas de CP présentant des ensembles uniques de voies altérées. Nous avons également analysé les effets des miARN dérégulés sur les gènes cibles, ajoutant de la complexité à nos découvertes. Ensuite, des expériences de validation ont confirmé l'interaction directe des cibles miARN-ARNm. Cette analyse approfondie améliore notre compréhension des réseaux régulateurs du CP et identifie des facteurs clés pour des thérapies de gestion personnalisées du CP, offrant de nouvelles possibilités de traitements efficaces.

Prostate cancer (PCa) is the second most common cancer in males, with a significant portion involving the TMPRSS2-ERG fusion. Despite extensive cancer genome/transcriptome data, understanding how mutations and altered transcription impact individual PCa patients' regulatory networks is limited. Our study used patient matched normal and tumor samples to explore somatic variations and transcriptome profiles in primary ERG+ prostate cancers. Integrating protein-protein interaction and gene regulatory network databases, we discovered specific network alterations tailored to each patient and each PCa case exhibited unique sets of altered pathways. We also analyzed the effects of deregulated miRNAs on target genes, adding complexity to our findings. Then, validation experiments confirmed the direct interaction of miRNA-mRNA targets. Consequently, this comprehensive analysis enhances our understanding of PCa regulatory networks and identifies key factors for personalized PCa management therapies, offering new possibilities for effective treatments.